Aunque se desconoce el origen de la bebida, un relato dice que surgió alrededor de 1918 en la región del Alentejo, en Portugal, con una receta popular hecha con limón, ajo y miel, indicada para los pacientes con la gripe española. Otro relato dice que la Caipirinha se basa en la Poncha, una bebida alcohólica de Madeira (Portugal). El ingrediente principal es el aguardiente de caña, que se elabora a partir de la caña de azúcar. Los portugueses trasladaron la producción de caña de azúcar de Madeira a Brasil porque necesitaban más tierra para plantarla. Antes de esto, la gente de Madeira ya había creado el aguardiente de cana, que fue el antecesor de la cachaça.
Hoy en día, se sigue utilizando como tónico para el resfriado común. Comúnmente, los practicantes añaden un poco de aguardiente destilado a los remedios caseros para acelerar el efecto terapéutico. El aguardiente se utilizaba habitualmente. «Hasta que un día, alguien decidió quitar el ajo y la miel. Luego añadió unas cucharadas de azúcar para reducir la acidez de la cal. El hielo vino después, para alejar el calor», explica Carlos Lima, director ejecutivo del IBRAC (Instituto Brasileño de la Cachaça).
Según los historiadores, la caipirinha fue inventada por los campesinos terratenientes de la región de Piracicaba, en el interior del Estado de São Paulo, durante el siglo XIX, como bebida local para eventos y fiestas de «alto nivel», reflejo de la fuerte cultura de la caña de azúcar en la región.
La caipirinha es el cóctel nacional más fuerte de Brasil, y se bebe en restaurantes, bares y muchos hogares de todo el país. Esta bebida, que antes era casi desconocida fuera de Brasil, se ha hecho más popular y más accesible en los últimos años, en gran parte debido a la creciente disponibilidad de marcas de cachaça de primera calidad fuera de Brasil. La Asociación Internacional de Cantineros lo designó como uno de sus cócteles oficiales, como un clásico contemporáneo.