Politická jednota
Jinnahovo úsilí o politické sjednocení hinduistů a muslimů mu vyneslo titul „nejlepšího vyslance hinduisticko-muslimské jednoty“, který mu dal Gokhale. Především díky jeho úsilí začaly Kongresová strana a Muslimská liga pořádat svá výroční zasedání společně, aby si usnadnily vzájemné konzultace a účast. V roce 1915 se obě organizace sešly v Bombaji a v roce 1916 v Lucknow, kde byl uzavřen Lucknowský pakt. Podle podmínek paktu obě organizace zpečetily plán ústavní reformy, který se stal jejich společným požadavkem vůči britské vládě. Došlo k mnoha ústupkům, ale muslimové získali jeden důležitý ústupek v podobě samostatných volebních obvodů, které jim vláda přiznala již v roce 1909, ale Kongres se jim dosud bránil.
Mezitím se v indické politice objevila nová síla v osobě Mohandase (Mahátmy) Gándhího. Pod jeho vliv se dostala jak Home Rule League, tak i Kongresová strana. Džinnáh, který se stavěl proti Gándhího hnutí za nespolupráci a jeho v podstatě hinduistickému přístupu k politice, opustil v roce 1920 jak ligu, tak Kongresovou stranu. Několik let se držel stranou hlavních politických hnutí. Nadále pevně věřil v hinduisticko-muslimskou jednotu a ústavní metody k dosažení politických cílů. Po vystoupení z Kongresu využíval k propagaci svých názorů platformu Muslimské ligy. Ve dvacátých letech však byla Muslimská liga a s ní i Jinnah zastíněna Kongresem a nábožensky orientovaným muslimským hnutím Chilafát.
Když neúspěch hnutí za nespolupráci a vznik hinduistických obrodných hnutí vedl k antagonismu a nepokojům mezi hinduisty a muslimy, začala Muslimská liga ztrácet sílu a soudržnost a provinční muslimští vůdci vytvořili vlastní strany, které sloužily jejich potřebám. Džinnáhovým problémem v následujících letech tak bylo přeměnit Muslimskou ligu v osvícený, jednotný politický orgán připravený spolupracovat s dalšími organizacemi pracujícími pro blaho Indie. Kromě toho musel přesvědčit Kongresovou stranu, což bylo předpokladem politického pokroku, o nutnosti urovnat hinduisticko-muslimský konflikt.
Dosáhnout takového sblížení bylo Džinnáhovým hlavním cílem na přelomu 20. a 30. let. O tento cíl usiloval v zákonodárném sboru, na konferenci u kulatého stolu v Londýně (1930-32) a prostřednictvím svých „14 bodů“, které zahrnovaly návrhy na federální formu vlády, větší práva menšin, třetinové zastoupení muslimů v ústředním zákonodárném sboru, oddělení převážně muslimského regionu Sindh od zbytku provincie Bombaj a zavedení reforem v Severozápadní pohraniční provincii. Zklamal ho neúspěch, když se mu nepodařilo prosadit ani drobné změny v návrzích Nehrúova výboru (1928) v otázce oddělených volebních obvodů a rezervace křesel pro muslimy v zákonodárných sborech. V té době se ocitl ve zvláštní situaci: mnozí muslimové si mysleli, že jeho politika je příliš nacionalistická a že muslimské zájmy nejsou v jeho rukou v bezpečí, zatímco Kongresová strana nechtěla umírněným muslimským požadavkům vyhovět ani z poloviny. Muslimská liga byla vskutku dům rozdělený sám proti sobě. Paňdžábská muslimská liga zavrhla Džinnáhovo vedení a organizovala se samostatně. Znechucený Jinnah se rozhodl usadit v Anglii. V letech 1930 až 1935 zůstal v Londýně a věnoval se praxi před Tajnou radou. Když se však chystaly ústavní změny, nechal se přesvědčit, aby se vrátil domů a stanul v čele obnovené Muslimské ligy.
Brzy začaly přípravy na volby podle zákona o vládě Indie z roku 1935. Džinnah stále uvažoval o spolupráci Muslimské ligy s hinduisty ovládanou Kongresovou stranou a o koaličních vládách v provinciích. Volby v roce 1937 se však ukázaly jako zlom ve vztazích mezi oběma organizacemi. Kongres získal absolutní většinu v šesti provinciích a Liga si nevedla nijak zvlášť dobře. Kongresová strana se rozhodla nezahrnout ligu do sestavování provinčních vlád a výsledkem byly výhradně čistě kongresové vlády. Vztahy mezi hinduisty a muslimy se začaly zhoršovat a nespokojenost muslimů se brzy stala bezmeznou.