Archeologické nálezy ukazují, že k domestikaci koní došlo přibližně před 6 000 lety ve stepních oblastech severně od Černého moře od Ukrajiny po Kazachstán. Navzdory intenzivnímu studiu po dlouhou dobu zůstává mnoho otázek ohledně raného vývoje druhu, který prošel domestikací. Jedna z klíčových otázek se týká toho, zda byla domestikace omezena na jedinou lokalitu, nebo probíhala ve více oblastech. S touto otázkou původu souvisí i to, zda se domestikovaní koně rozšířili po celé Eurasii, nebo zda se praxe domestikace koní rozšířila do nových oblastí, přičemž místní chovatelé odchytávali vlastní divoké koně a vnášeli je do genofondu domácích koní. K zodpovězení těchto otázek byly použity moderní genetické techniky, ale různé oblasti genomu koně (tj. kompletní sekvence nukleových kyselin genetického kódu koně) přinesly různé odpovědi.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Výsledky studií mitochondriální DNA (mtDNA), která se dědí pouze po matce, ukázaly velkou rozmanitost mezi jedinci a silně podpořily myšlenku, že ke vzniku koně domácího přispěli divocí koně z mnoha různých geografických oblastí. Údaje o mtDNA jasně naznačovaly, že existovalo více míst domestikace s velkým počtem klisen v prvních populacích a že genetický vklad místních divokých koní byl vnesen do genofondu domácích koní, jak se domestikovaní koně šířili. Data mtDNA také ukázala, že moderní kůň je směsicí starobylých linií, z nichž všechny lze vysledovat až k „předpotopní klisně“, která žila před 130 000 až 160 000 lety; neexistuje tedy žádný jasný mtDNA podpis pro moderní plemena koní.
Studie naproti tomu odhalily, že u domácího koně dominuje jediná, otcovsky děděná linie chromozomu Y, v níž neexistuje téměř žádná variabilita. Výjimkou byla studie koní v jihozápadní Číně, která zjistila, že některé jihočínské populace samců koní mají variantu chromozomu Y, která se nevyskytovala u žádného jiného testovaného plemene. Tato varianta může představovat jinou otcovskou linii, která v oblasti přežila, nebo může představovat nedávnou mutaci. Zdá se, že nedostatek variací na chromozomu Y naznačuje velmi úzký původ domácího koně. Rozdíly ve variabilitě mezi mateřskou a otcovskou linií však mohou odrážet rozdíly v tom, jak chovatelé zacházeli s klisnami a hřebci. Je možné, že v průběhu historie se na vzniku domácího koně podílelo mnohem více klisen než hřebců, protože s hřebci lze obtížně manipulovat. Kromě toho je většina selekce zaměřena na samce, protože na úrovni jedince mohou produkovat tak velké množství potomků ve srovnání se samicemi. (Jinými slovy, je pravděpodobné, že k oplodnění velkého počtu klisen mohl být použit malý počet relativně spolupracujících hřebců.)
Studie zkoumající jiné oblasti DNA odhalily u koní vysokou genetickou rozmanitost, která je v souladu s výsledky mtDNA. Výzkum na přelomu 21. a 22. století naznačil, že na Pyrenejském poloostrově (oblast zahrnující Španělsko a Portugalsko), který sloužil jako útočiště mnoha druhů, včetně koní, během pleistocénního a holocénního zalednění, zřejmě došlo k nezávislé domestikaci. Kromě toho existují důkazy, že lidé rozšířili domácí koně ze západní Eurasie a že domácí populace byly doplněny divokými jedinci, což zvýšilo genetickou rozmanitost domácích koní. Na základě moderních genetických analýz lze na otázky týkající se domestikace koní odpovědět, že kůň má rozmanité předky, že došlo k více než jedné domestikační události a že domácí koně byli v průběhu historie své domestikace široce kříženi.
E. Gus Cothran The Editors of Encyclopaedia Britannica