Část území dnešního státu Mississippi byla zahrnuta do Západofloridské republiky, kterou v roce 1810 vyhlásili američtí osadníci jako opozici vůči španělské nadvládě. Jejich vlajka měla modré pozadí s jednou bílou hvězdou uprostřed. (Podobný vzor používali ve 30. letech 19. století Američané podporující nezávislost v Texasu). Byla vyvěšena 9. ledna 1861, kdy Mississippi před připojením ke Konfederovaným státům americkým přijalo nařízení o odtržení. Modrobílá vlajka se stala známou po celém Jihu jako Bonnie Blue Flag. Dne 26. ledna téhož roku Mississippi přijalo vlajku Magnolia s rodným stromem na bílém poli; kanton byl modrý se středovou bílou hvězdou, čímž byl do vlajky začleněn vzor Bonnie Blue. Zdá se, že po skončení občanské války se magnóliová vlajka nepoužívala; v roce 1938 však byla magnólie označena za oficiální státní strom.
V roce 1890 byla přijata nová státní ústava; byla výsledkem snahy bílé většiny, která chtěla minimalizovat vliv místních černochů a federální vlády na státní záležitosti. Jako symbol změny moci přijal stát 7. února 1894 novou vlajku, kterou pravděpodobně vytvořil americký senátor E. N. Scudder. Její tři vodorovné pruhy připomínaly hvězdy a pruhy Konfederace, zatímco její kanton tvořila bojová vlajka Konfederace. Oddělení kantonu od modrých a červených pruhů bílým fimbriem (úzkým okrajem) bylo potvrzeno guvernérským výnosem v roce 1996.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Mnoho obyvatel Mississippi se stavělo proti návrhu z roku 1894 s tím, že připomíná černošské otroctví a rasistické tradice; mnozí zastánci vlajky však tvrdili, že reprezentuje hrdost státu a jižanské dědictví. Při přezkoumávání související právní námitky v roce 2000 Nejvyšší soud státu Mississippi zjistil, že vlajka byla nedopatřením vypuštěna z revize státních zákonů v roce 1906; vlajka proto v té době přestala být legální. Dne 6. května 2000 guvernér povolil používání návrhu jako dočasné vlajky a 17. dubna 2001 byla v celostátním referendu schválena stávající vlajka oproti navrhovanému alternativnímu návrhu, který by vynechal konfederační bojovou vlajku.
V roce 2020 vedly celostátní protesty proti policejní brutalitě vůči černošským Američanům k širšímu zkoumání rasové nespravedlnosti ve Spojených státech a znovu se objevila kritika přítomnosti konfederační bojové vlajky v návrhu státní vlajky. Dne 28. června schválil mississippský zákonodárný sbor návrh zákona o vyřazení současné verze vlajky a zadání návrhu nové. Návrh zákona podepsal guvernér státu 30. června. Zákon požadoval, aby nový design obsahoval slova „In God We Trust“ (V Boha věříme) a zakazoval používání konfederační bojové vlajky. Nový návrh, který byl nakonec vybrán, obsahoval středový květ magnólie obklopený 20 bílými hvězdami, jednu zlatou hvězdu a heslo „In God We Trust“ na poli z nerovných svislých pruhů červené, zlaté a modré barvy. Voliči v Mississippi jej schválili v referendu 3. listopadu. Návrh zákona o oficiálním přijetí schváleného návrhu vlajky byl ratifikován Sněmovnou reprezentantů státu 5. ledna 2021 a Senátem státu 6. ledna; guvernér jej podepsal 11. ledna.
Magnólie ve středu vlajky, která je již dlouho symbolem Mississippi, představuje také pohostinnost, naději a znovuzrození. Kruh složený z 20 bílých hvězd odráží postavení Mississippi jako 20. státu přijatého do Spojených států amerických; zlatá hvězda představuje původní americké obyvatele, kteří byli původními obyvateli země, jež se později stala státem Mississippi. Modrá barva použitá ve středním svislém pruhu připomíná modrou barvu vlajky USA a představuje bdělost, spravedlnost a vytrvalost. Červená barva, použitá ve dvou krajních pruzích, značí odolnost a statečnost. Zlatá barva, použitá ve dvou tenkých pruzích a v tyčince magnólie, má odkazovat na kulturní dědictví Mississippi.