El 10 de diciembre de 1832, el presidente Andrew Jackson emitió la Proclamación de Nulificación, que establecía que los estados y municipios tenían prohibido anular las leyes federales. También amenazó con hacer cumplir la proclamación con el uso de armas federales. Aunque el compromiso del Congreso pronto apaciguó la situación, la proclamación de Jackson dejó claro que creía que el gobierno federal era el poder supremo de Estados Unidos y que estaba dispuesto a utilizar el ejército para asegurar su supremacía.
El debate sobre la cuestión de la anulación comenzó en realidad antes de que Andrew Jackson asumiera el cargo. La aprobación del arancel altamente proteccionista de 1828 molestó a muchos habitantes de Carolina del Sur. Consideraban que los aranceles sobre los productos manufacturados extranjeros, diseñados para proteger el incipiente sector manufacturero de Estados Unidos, les perjudicaban de forma desproporcionada, ya que vendían su algodón en el mercado mundial y podían comprar productos manufacturados en el extranjero de forma más rentable. Dado que sólo un pequeño número de estados del Bajo Sur compartían el punto de vista de Carolina del Sur, había pocas posibilidades de derogar el arancel ofensivo.
Considerando que el arancel era inconstitucional, los carolinos del Sur articularon una vía por la que ellos mismos podían declarar una ley inconstitucional. El punto de vista se expuso en un ensayo titulado «An Exposition and Protest» (Exposición y protesta), escrito por John C. Calhoun, pero publicado de forma anónima. El ensayo argumentaba que, dado que la Constitución federal era un pacto entre los estados, éstos tenían la capacidad de declarar las leyes inconstitucionales. Si un estado hacía esto, argumentaba Calhoun, entonces el curso de acción apropiado era que el gobierno federal reconsiderara la ley. Según el plan de Calhoun, una ley anulada tendría que volver a ser aprobada por dos tercios de los votos del Congreso y tres cuartos de los votos de las asambleas legislativas de los estados, y entonces el estado anulador tendría la opción de consentir o separarse. Pocos, más allá de Carolina del Sur, encontraron persuasivos los argumentos de la «Exposición y Protesta».
La cuestión quedó latente hasta 1832. El Congreso aprobó otro arancel, éste también de carácter proteccionista. Aunque Calhoun era vicepresidente, no pudo evitar que Andrew Jackson firmara la ley. Cuando el Partido Demócrata sustituyó a Calhoun por Martin Van Buren como candidato a la vicepresidencia para las elecciones de 1832, Calhoun consideró que no tenía nada que perder desafiando la ley. Calhoun renunció a la vicepresidencia y la legislatura de Carolina del Sur lo eligió rápidamente como senador. La legislatura también convocó la selección de una convención constitucional estatal. Reunida en noviembre de 1832, la convención estatal dictaminó que los aranceles federales de 1828 y 1832 eran inconstitucionales y los anuló de inmediato. La convención también dictaminó que, a partir del 1 de febrero de 1833, el gobierno federal ya no podría recaudar los ingresos de los aranceles dentro de las fronteras de Carolina del Sur. Las acciones de Carolina del Sur conmocionaron a todo Estados Unidos y enfurecieron al presidente Jackson. Aunque Jackson era un ferviente partidario de la soberanía de los estados, consideraba que Carolina del Sur estaba llevando al extremo la posición de los derechos de los estados y socavando la estructura de la Unión federal y la propia Constitución. Jackson emitió una proclama el 10 de diciembre de 1832 en la que rechazaba la doctrina de la anulación. Declaró que la Constitución creaba un gobierno único para todos los estadounidenses y que la secesión era ilegal. Consideró como traición cualquier acto de violencia destinado a ayudar e instigar la secesión. Jackson también propuso que el Congreso aprobara un proyecto de ley de fuerza, que le permitiera, como presidente, cobrar el arancel por la fuerza, si fuera necesario.
Mientras Jackson buscaba una pelea, los líderes del Congreso intentaron llegar a un compromiso. El congresista neoyorquino Gulian Verpalnck propuso un arancel reducido, pero no consiguió el apoyo de la mayoría. El senador Henry Clay propuso entonces lo que se conoció como el «Arancel de Compromiso». Este arancel mantendría la protección, pero sus tasas disminuirían cada año, hasta que el propio arancel protector se eliminara totalmente en 1842. Esta propuesta era aceptable para la mayoría del Congreso y para Carolina del Sur. El Congreso aprobó tanto el Arancel de Compromiso como el Proyecto de Ley de Fuerza, y Jackson los convirtió en ley el 2 de marzo de 1833. Carolina del Sur anuló su anulación de los aranceles (pero luego anuló la Ley de la Fuerza como un acto de principio), y la crisis terminó.
La Crisis de la Anulación es interesante para los historiadores por varias razones. Proporciona pruebas sobre la naturaleza del pensamiento político y constitucional de Andrew Jackson. Aunque Jackson creía en una interpretación estricta de la Constitución y en los derechos de los estados, consideraba que cuando la Constitución había delegado poder al gobierno federal, éste debía ser supremo. Jackson también valoraba la Unión y no estaba dispuesto a verla comprometida ni a dejar que se desintegrara. La Crisis de la Nulificación también puso de manifiesto la profunda alienación que existía entre los plantadores de algodón del Sur profundo ya en la década de 1830. Esta alienación no desapareció, ni tampoco el deseo de tratar de formular una construcción constitucional que pudiera aliviar los agravios de los plantadores, a saber, la dominación económica por parte de los intereses comerciales del norte y el temor de que el gobierno federal pudiera manipular la institución de la esclavitud. En muchos sentidos, la Crisis de la Nulificación fue un ensayo de la crisis política y constitucional de la década de 1850 que culminaría en la Guerra Civil estadounidense.