Unidad política
Los esfuerzos de Jinnah por lograr la unión política de hindúes y musulmanes le valieron el título de «el mejor embajador de la unidad hindú-musulmana», un epíteto acuñado por Gokhale. Fue en gran parte gracias a sus esfuerzos que el Partido del Congreso y la Liga Musulmana empezaron a celebrar sus sesiones anuales conjuntamente, para facilitar la consulta y la participación mutuas. En 1915 las dos organizaciones celebraron sus reuniones en Bombay y en 1916 en Lucknow, donde se concluyó el Pacto de Lucknow. Según los términos del pacto, las dos organizaciones pusieron su sello a un esquema de reforma constitucional que se convirtió en su demanda conjunta frente al gobierno británico. Hubo muchas concesiones, pero los musulmanes obtuvieron una importante concesión en forma de electorados separados, que el gobierno ya les había concedido en 1909, pero a la que el Congreso se había resistido hasta entonces.
Mientras tanto, una nueva fuerza en la política india había aparecido en la persona de Mohandas (Mahatma) Gandhi. Tanto la Home Rule League como el Partido del Congreso habían caído bajo su influencia. Opuesto al movimiento de no cooperación de Gandhi y a su enfoque esencialmente hindú de la política, Jinnah abandonó tanto la liga como el Partido del Congreso en 1920. Durante unos años se mantuvo alejado de los principales movimientos políticos. Siguió siendo un firme creyente en la unidad hindú-musulmana y en los métodos constitucionales para la consecución de fines políticos. Tras su retirada del Congreso, utilizó la plataforma de la Liga Musulmana para propagar sus opiniones. Sin embargo, durante la década de 1920, la Liga Musulmana, y con ella Jinnah, se vio eclipsada por el Congreso y el movimiento Khilafat musulmán de orientación religiosa.
Cuando el fracaso del movimiento de no cooperación y la aparición de movimientos revivalistas hindúes provocaron antagonismo y disturbios entre hindúes y musulmanes, la Liga Musulmana empezó a perder fuerza y cohesión, y los líderes musulmanes provinciales formaron sus propios partidos para satisfacer sus necesidades. Así, el problema de Jinnah durante los años siguientes fue convertir la Liga Musulmana en un organismo político ilustrado y unificado, preparado para cooperar con otras organizaciones que trabajaban por el bien de la India. Además, tenía que convencer al Partido del Congreso, como requisito previo para el progreso político, de la necesidad de resolver el conflicto entre hindúes y musulmanes.
Provocar ese acercamiento fue el principal propósito de Jinnah durante finales de la década de 1920 y principios de la de 1930. Trabajó con este fin en la asamblea legislativa, en la Conferencia de la Mesa Redonda de Londres (1930-32) y a través de sus «14 puntos», que incluían propuestas para una forma de gobierno federal, mayores derechos para las minorías, un tercio de representación para los musulmanes en la legislatura central, la separación de la región de Sindh, predominantemente musulmana, del resto de la provincia de Bombay y la introducción de reformas en la Provincia de la Frontera del Noroeste. Su fracaso a la hora de conseguir incluso pequeñas modificaciones en las propuestas del Comité Nehru (1928) sobre la cuestión de los electorados separados y la reserva de escaños para los musulmanes en las legislaturas le frustró. Se encontró en una posición peculiar en ese momento: muchos musulmanes pensaban que era demasiado nacionalista en su política y que los intereses musulmanes no estaban seguros en sus manos, mientras que el Partido del Congreso ni siquiera satisfacía las demandas musulmanas moderadas a medias. De hecho, la Liga Musulmana era una casa dividida contra sí misma. La Liga Musulmana del Punjab repudió el liderazgo de Jinnah y se organizó por separado. Asqueado, Jinnah decidió instalarse en Inglaterra. De 1930 a 1935 permaneció en Londres, dedicándose a ejercer ante el Consejo Privado. Pero cuando se avecinaban cambios constitucionales, se le convenció de que volviera a casa para dirigir una Liga Musulmana reconstituida.
Pronto comenzaron los preparativos para las elecciones en virtud de la Ley del Gobierno de la India de 1935. Jinnah seguía pensando en la cooperación entre la Liga Musulmana y el Partido del Congreso, controlado por los hindúes, y en gobiernos de coalición en las provincias. Pero las elecciones de 1937 supusieron un punto de inflexión en las relaciones entre ambas organizaciones. El Congreso obtuvo la mayoría absoluta en seis provincias, y la Liga no lo hizo especialmente bien. El Partido del Congreso decidió no incluir a la liga en la formación de los gobiernos provinciales, y el resultado fueron gobiernos exclusivos del Congreso. Las relaciones entre hindúes y musulmanes empezaron a deteriorarse, y pronto el descontento musulmán no tuvo límites.