Les preuves archéologiques indiquent que la domestication des chevaux a eu lieu il y a environ 6 000 ans dans les terres steppiques au nord de la mer Noire, de l’Ukraine au Kazakhstan. Malgré des études intensives sur une longue période, de nombreuses questions subsistent sur le développement précoce de l’espèce lors de sa domestication. L’une des questions cruciales est de savoir si la domestication était limitée à un seul endroit ou si elle s’est produite dans plusieurs régions. En lien avec cette question des origines, on peut se demander si les chevaux domestiqués se sont répandus dans toute l’Eurasie ou si la pratique de la domestication des chevaux s’est étendue à de nouvelles régions, les éleveurs locaux capturant leurs propres chevaux sauvages et les introduisant dans le pool génétique des chevaux domestiques. Des techniques génétiques modernes ont été utilisées pour répondre à ces questions, mais différentes régions du génome du cheval (c’est-à-dire la séquence complète d’acides nucléiques du code génétique d’un cheval) ont donné des réponses différentes.
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Les résultats des études de l’ADN mitochondrial (ADNmt), qui est hérité uniquement de la mère, ont montré une grande diversité parmi les individus et ont fortement soutenu l’idée que les chevaux sauvages de nombreuses zones géographiques différentes ont contribué au cheval domestique. Les données relatives à l’ADNmt indiquent clairement qu’il y a eu plusieurs sites de domestication, avec un grand nombre de juments dans les premières populations, et que l’apport génétique des chevaux sauvages locaux a été introduit dans le pool génétique domestique au fur et à mesure de la propagation des chevaux domestiqués. Les données relatives à l’ADNmt ont également montré que le cheval moderne est un mélange d’anciennes lignées, qui peuvent toutes remonter à une « jument ancestrale », qui vivait il y a 130 000 à 160 000 ans ; il n’y a donc pas de signature claire de l’ADNmt pour les races de chevaux modernes.
En revanche, des études ont révélé que le cheval domestique est dominé par une seule lignée de chromosomes Y héritée par la voie paternelle, dans laquelle il n’y a presque pas de variation. Une étude sur les chevaux du sud-ouest de la Chine a fait exception à la règle : elle a révélé que certaines populations de chevaux mâles du sud de la Chine possédaient une variante du chromosome Y qui n’était présente dans aucune des autres races testées. Cette variante peut représenter une lignée paternelle différente qui a survécu dans la région, ou une mutation récente. L’absence de variation sur le chromosome Y semblerait indiquer une origine très étroite pour le cheval domestique. Cependant, les différences de variation entre les lignées maternelles et paternelles peuvent refléter les différences de traitement des juments et des étalons par les éleveurs. Il est possible qu’au cours de l’histoire, beaucoup plus de juments que d’étalons aient contribué à la création du cheval domestique, car les étalons peuvent être difficiles à manipuler. En outre, la plupart de la sélection est dirigée vers les mâles, car au niveau de l’individu, ils peuvent produire un grand nombre de descendants par rapport aux femelles. (En d’autres termes, il est probable qu’un petit nombre d’étalons relativement coopératifs aient été utilisés pour féconder un grand nombre de juments.)
Les études portant sur d’autres régions de l’ADN ont révélé une grande diversité génétique chez les chevaux, ce qui est cohérent avec les résultats de l’ADNmt. Des recherches menées au début du XXIe siècle ont indiqué qu’il semble y avoir eu un événement de domestication indépendant dans la péninsule ibérique (la région contenant l’Espagne et le Portugal), qui a servi de refuge à de nombreuses espèces, dont les chevaux, pendant les glaciations du Pléistocène et de l’Holocène. En outre, des éléments indiquent que l’homme a propagé les chevaux domestiques depuis l’ouest de l’Eurasie et que les populations domestiques ont été complétées par des individus sauvages, ce qui a augmenté la diversité génétique des chevaux domestiques. Sur la base des analyses génétiques modernes, les réponses aux questions entourant la domestication du cheval sont que le cheval a une ascendance diversifiée, qu’il y a eu plus d’un événement de domestication et que les chevaux domestiques ont été largement croisés tout au long de l’histoire de leur domestication.
E. Gus Cothran Les éditeurs de l’Encyclopaedia Britannica.