Politikai egység
Dzsinnah a hinduk és muszlimok politikai uniójának megvalósítására tett erőfeszítései miatt kapta a “hindu-muszlim egység legjobb nagykövete” címet, amelyet Gokhale adott neki. Nagyrészt az ő erőfeszítéseinek köszönhető, hogy a Kongresszusi Párt és a Muszlim Liga a kölcsönös konzultáció és részvétel megkönnyítése érdekében elkezdte közösen tartani éves üléseit. A két szervezet 1915-ben Bombayben, 1916-ban pedig Lucknowban tartotta üléseit, ahol megkötötték a Lucknowi Paktumot. A paktum értelmében a két szervezet megpecsételte az alkotmányreform tervezetét, amely közös követelésükké vált a brit kormánnyal szemben. Sok volt az adok-kapok, de a muszlimok egy fontos engedményt kaptak a külön választójog formájában, amelyet a kormány már 1909-ben megadott nekik, de a Kongresszus addig ellenállt.
Aközben Mohandas (Mahatma) Gandhi személyében új erő jelent meg az indiai politikában. Mind a Home Rule League, mind a Kongresszus Párt az ő befolyása alá került. Dzsinnah, aki ellenezte Gandhi nem-együttműködési mozgalmát és a politika alapvetően hindu szemléletét, 1920-ban kilépett mind a Ligából, mind a Kongresszusi Pártból. Néhány évig távol tartotta magát a főbb politikai mozgalmaktól. Továbbra is szilárdan hitt a hindu-muszlim egységben és a politikai célok elérésének alkotmányos módszereiben. Miután kilépett a Kongresszusból, a Muszlim Liga platformját használta nézeteinek terjesztésére. Az 1920-as években azonban a Muzulmán Ligát és vele együtt Dzsinnah-t beárnyékolta a Kongresszus és a vallási orientációjú muszlim khilafat mozgalom.
Amikor az együttműködési mozgalom kudarca és a hindu újjászületési mozgalmak megjelenése ellentétekhez és zavargásokhoz vezetett a hinduk és muszlimok között, a Muzulmán Liga kezdte elveszíteni erejét és kohézióját, és a tartományi muszlim vezetők saját pártokat alapítottak igényeik kiszolgálására. Így Dzsinnah problémája a következő években az volt, hogy a Muzulmán Ligát felvilágosult, egységes politikai testületté alakítsa át, amely kész együttműködni más, India javát szolgáló szervezetekkel. Emellett a politikai haladás előfeltételeként meg kellett győznie a Kongresszus Pártot a hindu-muszlim konfliktus rendezésének szükségességéről.
Egy ilyen közeledés megvalósítása volt Jinnah legfőbb célja az 1920-as évek végén és az 1930-as évek elején. E cél érdekében dolgozott a törvényhozó gyűlésen belül, a londoni kerekasztal-konferencián (1930-32), valamint a “14 pontján” keresztül, amely magában foglalta a szövetségi államformára, a kisebbségek nagyobb jogaira, a muszlimok egyharmados képviseletére a központi törvényhozásban, a túlnyomórészt muszlimok lakta Sindh régió elkülönítésére Bombay tartomány többi részétől, valamint az Északnyugati Határprovincia reformjainak bevezetésére vonatkozó javaslatokat. Az a kudarc, hogy a Nehru-bizottság javaslataiban (1928) még kisebb módosításokat sem tudott elérni a külön választókerületek és a muszlimok számára a törvényhozásban fenntartott helyek kérdésében, elkeserítette őt. Sajátos helyzetben találta magát abban az időben: sok muszlim úgy gondolta, hogy politikájában túlságosan nacionalista, és hogy a muszlim érdekek nincsenek biztonságban a kezében, miközben a Kongresszus Párt még a mérsékelt muszlim követeléseknek sem felelt meg félig-meddig. A Muszlim Liga valójában egy önmagával szemben megosztott ház volt. A Punjabi Muszlim Liga elutasította Dzsinnah vezetését, és külön szerveződött. Dzsinnah undorodva úgy döntött, hogy Angliában telepedik le. 1930-tól 1935-ig Londonban maradt, és a Privy Council előtti gyakorlatnak szentelte magát. Amikor azonban alkotmányos változásokra került sor, rábeszélték, hogy térjen haza, és álljon az újjáalakult Muszlim Liga élére.
Hamarosan megkezdődtek az 1935-ös indiai kormánytörvény szerinti választások előkészületei. Dzsinnah még mindig a Muzulmán Liga és a hinduk által ellenőrzött Kongresszus Párt közötti együttműködésben, valamint a tartományokban koalíciós kormányokban gondolkodott. Az 1937-es választások azonban fordulópontnak bizonyultak a két szervezet kapcsolatában. A Kongresszus hat tartományban abszolút többséget szerzett, a Liga pedig nem szerepelt különösebben jól. A Kongresszusi Párt úgy döntött, hogy nem vonja be a ligát a tartományi kormányok megalakításába, és kizárólagos, csak a Kongresszusból álló kormányok jöttek létre. A hinduk és muszlimok közötti kapcsolatok romlani kezdtek, és hamarosan a muszlimok elégedetlensége határtalanná vált.