Parte di quello che oggi è lo stato del Mississippi era incluso nella Repubblica della Florida Occidentale, che fu proclamata nel 1810 dai coloni americani in opposizione al dominio spagnolo. La loro bandiera aveva uno sfondo blu con una singola stella bianca al centro. (Un disegno simile fu usato negli anni 1830 dagli americani pro-indipendenza in Texas). Fu issata il 9 gennaio 1861, quando il Mississippi approvò la sua Ordinanza di Secessione prima di unirsi agli Stati Confederati d’America. La bandiera bianca e blu divenne nota in tutto il Sud come Bonnie Blue Flag. Il 26 gennaio dello stesso anno il Mississippi adottò la bandiera della Magnolia, con l’albero nativo su un campo bianco; il cantone era blu con una stella bianca centrale, incorporando così il disegno del Bonnie Blue. La bandiera della magnolia sembra non essere stata usata dopo la fine della guerra civile; comunque, la magnolia fu designata come albero ufficiale dello stato nel 1938.
Una nuova costituzione statale fu adottata nel 1890; era il prodotto di una maggioranza bianca che desiderava minimizzare l’influenza negli affari dello stato dei neri locali e del governo federale. Come simbolo del cambiamento di potere, il 7 febbraio 1894, lo stato adottò una nuova bandiera che fu probabilmente creata dal senatore degli Stati Uniti E.N. Scudder. Le sue tre strisce orizzontali ricordavano le Stelle e le Barre della Confederazione, mentre la Bandiera di Battaglia Confederata formava il suo cantone. La separazione del cantone dalle strisce blu e rosse da una fimbriatura bianca (bordo stretto) è stata confermata da un decreto governatoriale nel 1996.
Molti Mississippiani si sono opposti al disegno del 1894, sostenendo che ricordava la schiavitù nera e le tradizioni razziste; tuttavia, molti sostenitori della bandiera hanno sostenuto che essa rappresentava l’orgoglio statale e il patrimonio meridionale. Durante la revisione di una sfida legale correlata nel 2000, la Corte Suprema dello stato ha determinato che la bandiera era stata inavvertitamente omessa da una revisione degli statuti dello stato nel 1906; pertanto, la bandiera aveva cessato di essere legale a quel tempo. Il 6 maggio 2000, il governatore ha autorizzato l’uso del disegno come bandiera provvisoria, e un referendum in tutto lo stato il 17 aprile 2001, ha approvato la bandiera esistente rispetto a un disegno alternativo proposto che avrebbe omesso la bandiera confederata.
Nel 2020 le proteste a livello nazionale sulla brutalità della polizia contro i neri americani hanno portato a un esame più ampio dell’ingiustizia razziale negli Stati Uniti, e ci sono state nuove critiche sulla presenza della bandiera confederata nella bandiera dello stato. Il 28 giugno la legislatura del Mississippi ha approvato una legge per ritirare l’attuale versione della bandiera e commissionare il disegno di una nuova. Il disegno di legge è stato firmato in legge dal governatore dello stato il 30 giugno. La legge richiedeva che il nuovo disegno includesse le parole “In God We Trust” e proibiva l’uso della bandiera di battaglia confederata. Il nuovo disegno che fu selezionato alla fine incorporava un fiore di magnolia centrale circondato da 20 stelle bianche, una stella d’oro e il motto “In God We Trust” su un campo di strisce verticali ineguali di rosso, oro e blu. È stata approvata dall’elettorato del Mississippi tramite referendum il 3 novembre. Un disegno di legge per adottare ufficialmente il disegno della bandiera approvata è stato ratificato dalla Camera dei Rappresentanti dello Stato il 5 gennaio 2021, e dal Senato dello Stato il 6 gennaio; è stato firmato in legge dal governatore l’11 gennaio.
La magnolia al centro della bandiera, da tempo simbolo del Mississippi, rappresenta anche l’ospitalità, la speranza e la rinascita. Il cerchio di 20 stelle bianche riflette il rango del Mississippi come 20° stato ammesso negli Stati Uniti d’America; la stella d’oro rappresenta i nativi americani che erano gli abitanti originari della terra che sarebbe diventata lo stato del Mississippi. Il blu usato nella striscia verticale centrale ricorda il blu della bandiera degli Stati Uniti e rappresenta la vigilanza, la giustizia e la perseveranza. Il rosso, usato nelle due strisce esterne, è indicativo di robustezza e valore. L’oro, usato nelle due strisce sottili e nello stame della magnolia, è inteso come un cenno al patrimonio culturale del Mississippi.