Hoewel de oorsprong van het drankje onbekend is, zegt één verhaal dat het rond 1918 ontstond in de regio Alentejo in Portugal, met een populair recept op basis van citroen, knoflook en honing, bedoeld voor patiënten met de Spaanse griep. Volgens een ander verhaal is Caipirinha gebaseerd op Poncha, een alcoholische drank uit Madeira, Portugal. Het belangrijkste ingrediënt is aguardente de cana, dat wordt gemaakt van suikerriet. De productie van suikerriet werd door de Portugezen van Madeira naar Brazilië overgebracht omdat zij meer land nodig hadden om het te planten. Daarvoor had men op Madeira al aguardente de cana gemaakt, de voorloper van cachaça.
Heden ten dage wordt het nog steeds gebruikt als een tonicum tegen verkoudheid. Gewoonlijk voegen beoefenaars wat gedistilleerde drank toe aan huismiddeltjes om het therapeutische effect te bespoedigen. Aguardiente werd vaak gebruikt. “Tot op een dag, iemand besloot om de knoflook en honing te verwijderen. Daarna voegden ze een paar eetlepels suiker toe om de zuurgraad van de kalk te verminderen. Het ijs kwam daarna, om de hitte te weren,” legt Carlos Lima uit, uitvoerend directeur van IBRAC (Braziliaans Instituut voor Cachaça).
Volgens historici werd de caipirinha in de 19e eeuw uitgevonden door landeigen boeren in de regio Piracicaba, binnenland van de staat São Paulo, als een lokale drank voor ‘high standard’ evenementen en feesten, een weerspiegeling van de sterke suikerrietcultuur in de regio.
De caipirinha is de sterkste nationale cocktail van Brazilië, en wordt gedronken in restaurants, bars, en vele huishoudens in het hele land. Ooit vrijwel onbekend buiten Brazilië, werd de drank populairder en op grotere schaal beschikbaar in de afgelopen jaren, voor een groot deel als gevolg van de toenemende beschikbaarheid van eersteklas merken van cachaça buiten Brazilië. De International Bartenders Association wees het aan als een van zijn officiële cocktails, als een hedendaagse klassieker.