Patroon van de kunsten
De blijvende impact van het leven van Julius II kwam voort uit zijn gave om grote artistieke creaties te inspireren. Zijn naam is nauw verbonden met die van grote kunstenaars als Bramante, Rafaël en Michelangelo. Met zijn rijkdom aan visionaire ideeën droeg hij bij tot hun creativiteit. Volgens een algemeen plan voegde hij vele mooie gebouwen toe aan Rome en legde hij in het Vaticaans Museum de basis voor ’s werelds grootste collectie oudheden. Onder de talloze Italiaanse kerken die profiteerden van zijn stimulering van de kunsten was Sta. Maria del Popolo in Rome, waarvoor hij Andrea Sansovino opdracht gaf grafkelders te maken voor een aantal kardinalen en Pinturicchio om de fresco’s in de apsis te schilderen. Donato Bramante werd de architect van Julius’ vestingwerken in Latium, van de twee galerijen die het Belvedère-hof vormen, en van andere gebouwen van het Vaticaan. Rond 1503 vatte de Paus het idee op om een nieuwe basiliek van Sint Pieter te bouwen, waarvan Bramante het eerste model maakte. De eerste steen ervan werd gelegd op 18 april 1506.
De vriendschap tussen de paus en Michelangelo, begonnen in 1506, was duurzaam ondanks de terugkerende spanningen die hun relatie onder druk zette door de twee te veel op elkaar lijkende persoonlijkheden. Hun relatie was zo hecht dat de paus in feite Michelangelo’s intellectuele medewerker werd. Van Julius’ graftombe werd alleen de “Mozes” in de kerk van S. Pietro in Vincoli, in Rome, voltooid; de paus ligt echter niet daar, maar in de Sint Pieter bijgezet, samen met de stoffelijke resten van Sixtus IV. Het beroemde bronzen beeld van de Paus voor de kerk van S. Petronio te Bologna, voltooid in 1508, werd in 1511 verwoest. In 1508 werd Michelangelo door Julius overgehaald om te beginnen met zijn schilderingen aan het plafond van de Sixtijnse Kapel, die in oktober 1512 werden onthuld. De schilderingen, die een hoogtepunt in de westerse kunst vertegenwoordigen, waren in vorm en conceptie een product van de artistieke symbiose tussen Michelangelo en de Paus.
In 1509 was Rafaël, voorgesteld aan Julius, begonnen aan zijn meesterwerken voor de Paus, de fresco’s in drie zalen van het Vaticaan. Spirituele verwijzingen naar de persoon en het pontificaat van Julius II zijn duidelijk in een van de zalen (de Stanza della Segnatura), waar aardse en hemelse wijsheid naast elkaar staan in de “School van Athene” en de “Disputa”, terwijl de schoonheid van creativiteit wordt verbeeld in de “Parnassus”. Het thema van een andere zaal (de Stanza d’Eliodoro), die men een transcendente “politieke” biografie van de paus zou kunnen noemen, is nog persoonlijker. “De verdrijving van Heliodorus uit de tempel” symboliseert de verdrijving van de Fransen en de onderwerping van alle vijanden van de kerk, waarbij Julius II wordt afgebeeld als getuige van het tafereel vanaf zijn draagbare troon. Nauw verwant hieraan is de “Bevrijding van de H. Petrus”, waarin licht en duisternis de historische gebeurtenissen van het pontificaat symboliseren. Het derde grote fresco in deze zaal, de “Mis van Bolsena”, toont de Paus knielend in plaats van tronend, ter herinnering aan zijn verering van de corporale (communiedoek) van Bolsena in de kathedraal van Orvieto. Naast deze fresco portretten is er een van Rafaël in de Uffizi galerij in Florence, een van de meesterwerken van de portretkunst, die de paus toont niet als de zegevierende Mozes die opspringt, zoals Michelangelo hem portretteerde, maar als een berustende, peinzende oude man aan het einde van een avontuurlijk, strijdlustig leven. Michelangelo’s krijttekening van de paus in de Uffizi galerij benadert die in kwaliteit.
Als kardinaal verwekte Julius II tenminste één buitenechtelijke dochter, Felice. Hij benoemde vier leden van de Della Rovere familie tot kardinaal, van wie er slechts één enige betekenis kreeg. Uit het huwelijk van de enige broer van de paus, Giovanni, met de dochter en erfgename van hertog Federigo van Montefeltro stamden de hertogen van Urbino.
De paus voegde wijselijk iets toe aan de kerkschatten. Hoewel hij weinig priesters in zich had, was hij naar het einde toe alleen bezorgd over de grootsheid van de kerk. Hij wenste grootheid voor het pausdom en niet zozeer voor de paus, en hij wenste vrede in Italië. De Zwitserse historicus Jacob Burckhardt noemde hem de “redder van het pausdom”, omdat Alexander VI het voortbestaan ervan ernstig in gevaar had gebracht ter wille van zijn familiebelangen.