De Kree held Captain Marvel, die op Aarde aankomt na een langdurig verblijf in de alternatieve dimensie de Negative Zone, wordt gevangen genomen door verschillende leden van het superheldenteam de Avengers – Quicksilver, de Scarlet Witch, en de androïde held de Vision – met hulp van Mar-Vell’s (de ware Kree naam van de held) soms metgezel Rick Jones, en Mar-Vell zelf. Later wordt onthuld dat hij in deze periode een kind heeft verwekt bij de Skrull-prinses Annelle. Dit is nodig, want Mar-Vell heeft per ongeluk een dodelijke hoeveelheid straling opgenomen door wekenlang in de Negatieve Zone door te brengen, en dat zal fataal zijn als het niet wordt behandeld. Met de hulp van een wetenschapper, onttrekt de Vision de overtollige straling van Mar-Vell.
Een flashback-sequentie legt uit dat de Avengers een alarm detecteren van het Baxter Building, het hoofdkwartier van de Fantastic Four. De Avengers arriveren bij het gebouw en vinden Mar-Vell die het portaal naar de Negatieve Zone gebruikt – gecreëerd door Reed Richards – om te proberen Rick Jones te bevrijden van hun behoefte om “moleculen te delen” (afwisselend in dezelfde ruimte, één op Aarde en één gevangen in de Negatieve Zone tot ze verwisselen). Mar-Vell heeft succes, maar terwijl de poort naar de Zone open is, worden de Avengers gedwongen om de entiteit Annihilus terug te drijven, die probeert te ontsnappen uit de Zone. Mar-Vell maakt van de afleiding gebruik om een Avengers quinjet te stelen, die wordt opgespoord zodra de Avengers beseffen dat de Kree held een dodelijke hoeveelheid straling heeft geabsorbeerd. De flashback eindigt en de groep wordt dan aangevallen door een robot Sentry, die Mar-Vell gevangen neemt en ontsnapt. De Avengers worden ondervraagd door Mar-Vell’s voormalige collega, Carol Danvers.
De Avengers reageren op een oproep van medelid Goliath, die adviseert dat hij een noodoproep beantwoordt van Avenger Janet Pym, ook bekend als de Wasp. Samen met echtgenoot en medelid Henry Pym was het tweetal per schip op weg naar een onderzoeksbasis in de poolcirkel, om daar het effect van olie-exploratie op het milieu te bestuderen. Het paar vond blijkbaar een weelderig eiland, en gaan op onderzoek uit als de Wasp en Yellowjacket. Yellowjacket raadt de waarheid en duwt de Wasp weg voordat hij het eiland bereikt. Wanneer hij verdwijnt, roept de Wasp op zijn beurt Goliath op.
De Avengers arriveren en worden opnieuw aangevallen door de Sentry, nu geholpen door een gehypnotiseerde Goliath. De Avengers verslaan Goliath maar kunnen de Sentry niet stoppen, die iedereen gevangen neemt behalve Quicksilver. De dader blijkt Ronan the Accuser te zijn, nu een Kree vogelvrijverklaarde. Ronan begint aan “Plan Atavus”, met de bedoeling de Aarde te devolueren naar een prehistorische tijd om te gebruiken als basis in de oorlog tegen de Skrulls. Ronan toont de helden hoe de onderzoekswetenschappers op de basis en Henry Pym zijn gedegenereerd tot holbewoners, die nu Janet Pym begeren. Quicksilver arriveert en valt aan, en Ronan beëindigt de strijd wanneer hij wordt gecontacteerd en geadviseerd over een dreigende aanval van de Skrulls op de Kree thuiswereld van Hala. Zonder doel, vernietigt de Sentry zichzelf. De Avengers en Mar-Vell herstellen zich en stellen vast dat Pym en de andere wetenschappers, net als de omgeving, terug normaal zijn geworden.
Mar-Vell’s bestaan wordt onthuld wanneer de wetenschappers de autoriteiten inlichten over wat ze gezien hebben, en de “Alien Activities Commission” wordt gevormd, geleid door Senator H. Warren Craddock. De Avengers stemmen toe om deel te nemen aan een hoorzitting, maar die wordt afgeblazen wanneer de Avengers weigeren Mar-Vell uit te leveren. De Avengers moedigen Mar-Vell aan om met Danvers naar een privé boerderij te gaan, en hoewel achtervolgd door Nick Fury van S.H.I.E.L.D. ontsnappen ze. De Avengers krijgen te maken met gefrustreerde burgers, die de Avengers Mansion piketteren en dan naar binnen dringen om het gebouw te vernielen.
Avengers Captain America, Iron Man en Thor keren blijkbaar terug naar de Mansion en kondigen aan dat, omwille van het gedrag van het team, het nu voor altijd ontbonden is. Quicksilver, de Scarlet Witch en de Vision besluiten te vertrekken en Mar-Vell te controleren, maar terwijl ze daar zijn worden ze aangevallen door wat in eerste instantie drie koeien lijken te zijn. De koeien vuren energiestralen af die de Vision verlammen, die wel ongrijpbaar kan worden maar zich niet kan bewegen. Quicksilver en de Scarlet Witch worden gevangen genomen wanneer de koeien veranderen in drie leden van de Fantastic Four, en dan onthullen dat ze in feite Skrulls zijn, de oude vijanden van de Kree. Tegelijkertijd heeft Danvers Mar-Vell naar een Skrull-schip geleid dat ze beweert te hebben gevonden, en haalt Mar-Vell over om een “Omni-Wave Projector” te bouwen, een communicatie-apparaat dat in handen van niet-Kree een dodelijk wapen is. Mar-Vell doorziet echter het bedrog (aangezien geen mensen, alleen Skrulls, zijn ware naam kennen) en vernietigt het apparaat, maar hij wordt gevangen genomen door Danvers (nu onthuld dat hij eigenlijk de Super-Skrull is) en wordt, samen met Quicksilver en de Scarlet Witch, van de Aarde gehaald.
Hoewel hij gewond is, kan de Vision terugkeren naar Avengers Mansion, waar de stichtende leden Captain America, Iron Man, Thor en Henry Pym (nu in zijn oorspronkelijke identiteit van Ant-Man) zich hebben verzameld. Ant-Man verkleint zichzelf tot microscopisch formaat en gaat in de Vision, en is in staat om de androïde te repareren. Ant-Man vertrekt en als ze de herstellende Vision ondervragen, stellen de Avengers vast dat het de Skrulls waren – voorheen vermomd als koeien – die het team hebben ontbonden. De vier Avengers vinden en vangen de Skrulls voor ondervraging, en stellen vast dat de aliens in feite drie van de vier leden zijn van het originele verkenningsteam dat ooit de Aarde bezocht en streed tegen de Fantastic Four. De Avengers worden dan aangevallen door een team van drie Mandroids, gestuurd door Senator Craddock om de helden te arresteren omdat ze niet meewerken. Iron Man (in het geheim Tony Stark) ontwerpt de Mandroids en overbelast hun harnas met een elektrische ontlading.
Op hetzelfde moment arriveert Triton van de Inhumans, en niet in staat om de Fantastic Four te lokaliseren, vraagt hij de Avengers om hulp bij het lokaliseren van hun heerser Black Bolt, nodig omdat zijn broer Maximus the Mad de macht heeft gegrepen in hun thuisland Attilan. De Avengers helpen Triton en, nadat ze Black Bolt gevonden hebben, vergezellen ze de Inhumans naar Attilan. Maximus blijkt een verbond te hebben gesloten met de Kree, en in ruil voor het heerserschap gebruikt hij Kree technologie om de bevolking te controleren, met de bedoeling ze te gebruiken als soldaten tegen de Skrulls. De Avengers verslaan Maximus en zijn volgelingen, en nadat ze Black Bolt weer aan de macht hebben, vertrekken ze (met Goliath) naar de Skrull ruimte, met de bedoeling hun kameraden te redden.
Mar-Vell wordt naar het hart van het Skrull Rijk gebracht, en nadat hij te horen heeft gekregen dat de gevangen Avengers geëxecuteerd zullen worden, wordt hij gedwongen om nog een Omni-Wave Projector te bouwen. De Avengers komen aan in Skrull-ruimte en houden de buitenaardse vloot tegen terwijl Mar-Vell gedwongen wordt de Projector te gebruiken, die een tijdelijk bevrijde Rick Jones terug in de Negatieve Zone werpt. Jones wordt uit de Zone gered door de Kree heerser de Supreme Intelligence, die verborgen mentale krachten (de Destiny Force) in Rick Jones zelf ontsluit, Rick stuurt dan een golf van Golden Age helden met de Avengers tegen de Skrulls, en beëindigt zo de oorlog. De Destiny Force zet ook Senator Craddock op Aarde terug in zijn ware Skrull gedaante, en onthult dat hij de vierde Skrull was van de Aarde-expeditie, en hij wordt vervolgens gedood door een woedende menigte. De helden keren terug naar de Aarde om te ontdekken dat de echte Senator Craddock is gevonden, en de reputatie van de Avengers is hersteld.
De geheime superhelden groep de Illuminati worden uiteindelijk onthuld dat ze zowel de Kree als de Skrull Rijken hebben bezocht en de buitenaardse wezens hebben geadviseerd dat het betrekken van de Aarde in hun oorlog niet zou worden getolereerd.