Pomimo że pochodzenie napoju nie jest znane, jedna z relacji mówi, że pojawił się on około 1918 roku w regionie Alentejo w Portugalii, z popularnym przepisem z cytryny, czosnku i miodu, wskazanym dla pacjentów z hiszpańską grypą. Inna relacja mówi, że Caipirinha jest oparta na Poncha, napoju alkoholowym z Madery w Portugalii. Głównym składnikiem jest aguardente de cana, który jest wytwarzany z trzciny cukrowej. Portugalczycy przenieśli produkcję trzciny cukrowej z Madery do Brazylii, ponieważ potrzebowali więcej ziemi pod jej uprawę. Już wcześniej mieszkańcy Madery stworzyli aguardente de cana, która była przodkiem cachaça.
Dzisiaj jest ona nadal używana jako tonik na przeziębienie. Zazwyczaj lekarze dodają do domowych środków leczniczych trochę destylowanego spirytusu, aby przyspieszyć efekt terapeutyczny. Aguardiente było powszechnie używane. „Aż pewnego dnia, ktoś postanowił usunąć czosnek i miód. Następnie dodał kilka łyżek cukru, aby zmniejszyć kwasowość limonki. Lód pojawił się jako następny, aby złagodzić upał” – wyjaśnia Carlos Lima, dyrektor wykonawczy IBRAC (Brazylijskiego Instytutu Cachaça).
Według historyków caipirinha została wymyślona przez właścicieli ziemskich w regionie Piracicaba, w głębi stanu São Paulo w XIX wieku jako lokalny napój na imprezy i przyjęcia o „wysokim standardzie”, co było odzwierciedleniem silnej kultury trzciny cukrowej w tym regionie.
Caipirinha jest najmocniejszym narodowym koktajlem Brazylii i pije się ją w restauracjach, barach i wielu domach w całym kraju. Kiedyś prawie nieznany poza Brazylią, w ostatnich latach stał się bardziej popularny i szerzej dostępny, w dużej mierze dzięki rosnącej dostępności pierwszorzędnych marek cachaça poza Brazylią. Międzynarodowe Stowarzyszenie Barmanów uznało go za jeden ze swoich Oficjalnych Koktajli, jako Współczesny Klasyk.