O software permite aos utilizadores importar modelos 3D para um espaço virtual que pode ser movido e animado em conformidade. O posicionamento das figuras 3D pode ser facilmente alterado, as expressões faciais podem ser alteradas (desde que o modelo tenha morphs para usar), e os dados de movimento podem ser aplicados ao modelo para que ele se mova. Junto com estas funções para modelos, acessórios, estágios e fundos podem ser adicionados para criar um ambiente, e efeitos como os clarões das lentes e AutoLuminous (um efeito que faz as coisas brilharem e se iluminarem) podem ser aplicados desde que o plugin MikuMikuEffect (MME) esteja instalado na interface. Som e música também podem ser adicionados para criar videoclipes, curtas-metragens e histórias feitas por fãs. Os dados de movimento usados para animar os personagens e os dados de pose usados principalmente para fazer capturas de tela podem ser exportados como arquivos .vmd (Vocaloid Motion Data) e .vpd (Vocaloid Pose Data), respectivamente. Os arquivos exportados podem então ser importados para outros projetos feitos com softwares que podem utilizar os tipos de arquivo. Isso permite que os usuários compartilhem os dados com outros usuários. O software também utiliza o motor de física Bullet. Os usuários também podem usar o Kinect da Microsoft para a captura de movimento. Sombreamento de mapas, renderização de capturas de tela em vários formatos de arquivos de imagem e renderização completa de filmes no formato .avi também são possíveis.
Com exceção de alguns modelos, estágios, dados de movimento e acessórios que vêm com o software após o download, todo o conteúdo, incluindo os modelos 3D, é distribuído pelos usuários, o que significa que todas as regras e restrições (ou falta delas) variam muito de caso para caso. A maioria das regras dos modelos pode ser encontrada em seu arquivo Readme, que pode ser um arquivo .txt, pdf ou uma página da web. O criador, HiguchiM, declarou que não pode fazer promessas sobre como os modelos de fãs de outros usuários podem ou não podem ser usados, e está isento de toda responsabilidade relacionada a este assunto. Os modelos criados por outros utilizadores estão muitas vezes disponíveis para download público. Como o MikuMikuDance é exclusivamente um software de pose e animação, os modelistas usam softwares de modelagem 3D, como o Blender ou Metasequoia, para criar o modelo e o mapa UV, enquanto a maior parte da conversão para a plataforma MMD (como morphs faciais, ossos e corpos físicos) é feita com um programa feito exclusivamente para a conversão de modelos MMD, PMD Editor ou seu sucessor PMX Editor.
O próprio software vem com um pequeno número de modelos de Vocaloides bem conhecidos e uma grade invisível, à qual podem ser anexados efeitos de partículas no MME, uma etapa, alguns acessórios e duas amostras do que o MMD pode fazer, na forma de arquivos .pmm; o tipo de arquivo que os projetos MMD são salvos como. O software foi originalmente lançado apenas em japonês; entretanto, uma versão em inglês foi lançada posteriormente. Os vídeos que usam o software são vistos regularmente em sites como Nico Nico Douga e YouTube e são populares entre os fãs e usuários do Vocaloid. Uma revista que distribui modelos exclusivos com cada edição também foi produzida devido a essa popularidade. Alguns modelos para Vocaloid também podem ser usados para música Vocaloid, passando a ser usados por estúdios que trabalham com o software Vocaloid.
Muitas pessoas também compram revistas 100% Windows que dão modelos exclusivos para o público. Estas saem uma vez por mês e devido à popularidade, os criadores de modelos estão a dar modelos secretos, assim como os modelos que as pessoas pagaram. A maioria destes tendem a ser Vocaloid ou modelos que não têm um determinado detentor de direitos autorais.
Em 26 de maio de 2011, a atualização contínua do software chegou ao fim e a última versão foi lançada. Numa declaração final, o criador deixou o software nas mãos dos fãs para continuar a construir sobre ele. Apesar disso, o código fonte não foi lançado, e o desenvolvedor não tem intenções de fazê-lo, tornando impossível para as pessoas continuarem a construir sobre o software original. Entretanto, existem programas alternativos que oferecem funcionalidades similares, como o MikuMikuMoving (o “substituto” do MMD que é atualizado freqüentemente e tem muitos dos recursos do MMD, bem como novos formatos de arquivo exclusivos do programa, suporte ao display montado na cabeça do Oculus Rift e uma nova IU, entre outros recursos), e o software livre, o Blender.
Entre então e agora, houve várias adições ao MMD versão 7.39, principalmente a adição da versão x64, que roda melhor que a versão normal e foi projetada para usar a potência de computadores de 64 bits que falta aos computadores de 32 bits. Isto resulta em um melhor desempenho, tempos de renderização mais rápidos e maior qualidade, para citar alguns. No entanto, em 1 de junho de 2013, o criador do MikuMikuDance começou a lançar atualizações para o programa de forma muito repentina. Depois que ele começou a lançar atualizações novamente, houve 20 novas versões e as versões de 64 bits delas. Antes de 1 de junho, a última versão foi a 7.39, que foi lançada em 26 de maio de 2011. MMD ver. 7.39 recebeu várias atualizações de programa entre o seu lançamento inicial e o momento do ver. 7.39m do lançamento da versão. A maioria dessas atualizações foram feitas apenas para aumentar a compatibilidade com modelos .pmx mais novos e avançados. Não se sabe porque o criador começou a editar o software novamente. Em 10 de dezembro de 2019, a versão 9.32 foi lançada, que é a versão mais atual.
Em dezembro de 2014, o Projeto Sekai anunciou que tinha adquirido permissão para lançar o MikuMikuDance on Steam. Entretanto, até dezembro de 2020, ele não foi lançado.
A primeira série de televisão anime a ser totalmente produzida com o software, Straight Title Robot Anime, estreou em 5 de fevereiro de 2013.