Le logiciel permet aux utilisateurs d’importer des modèles 3D dans un espace virtuel qui peut être déplacé et animé en conséquence. Le positionnement des personnages 3D peut être facilement modifié, les expressions faciales peuvent être modifiées (à condition que le modèle dispose de morphes à utiliser), et des données de mouvement peuvent être appliquées au modèle pour le faire bouger. En plus de ces fonctions pour les modèles, des accessoires, des scènes et des arrière-plans peuvent être ajoutés pour créer un environnement, et des effets tels que des éclats de lentille et AutoLuminous (un effet qui fait briller les choses et les illumine) peuvent être appliqués à condition que le plugin MikuMikuEffect (MME) soit installé dans l’interface. Il est également possible d’ajouter du son et de la musique pour créer des vidéos musicales, des courts métrages et des histoires créées par des fans. Les données de mouvement utilisées pour animer les personnages et les données de pose principalement utilisées pour faire des captures d’écran peuvent être exportées sous forme de fichiers .vmd (Vocaloid Motion Data) et .vpd (Vocaloid Pose Data), respectivement. Les fichiers exportés peuvent ensuite être importés dans d’autres projets réalisés avec des logiciels pouvant utiliser ces types de fichiers. Cela permet aux utilisateurs de partager les données avec d’autres utilisateurs. Le logiciel utilise également le moteur physique Bullet. Les utilisateurs peuvent également utiliser le Kinect de Microsoft pour la capture de mouvements. L’ombrage de cartes, le rendu de captures d’écran dans plusieurs formats de fichiers image et le rendu de films complets au format .avi sont également possibles.
À l’exception de quelques modèles, scènes, données de mouvement et accessoires qui sont fournis avec le logiciel lors du téléchargement, tout le contenu, y compris les modèles 3D, est distribué par les utilisateurs, ce qui signifie que toutes les règles et restrictions (ou leur absence) varient grandement d’un cas à l’autre. Les règles de la plupart des modèles peuvent être trouvées dans le fichier Readme, qui peut être un fichier .txt, pdf ou une page web. Le créateur, HiguchiM, a déclaré qu’il ne peut faire aucune promesse quant à la façon dont les modèles de fans d’autres utilisateurs peuvent ou ne peuvent pas être utilisés, et est exempt de toute responsabilité à ce sujet. Les modèles créés par d’autres utilisateurs sont souvent disponibles en téléchargement public. MikuMikuDance étant exclusivement un logiciel de pose et d’animation, les modélistes utilisent un logiciel de modélisation 3D, tel que Blender ou Metasequoia, pour créer le modèle et l’UV map, tandis que la majorité de la conversion vers la plateforme MMD (comme les morphes faciaux, les os et les corps physiques) se fait avec un programme fait exclusivement pour la conversion de modèles MMD, PMD Editor ou son successeur PMX editor.
Le logiciel lui-même est livré avec un petit nombre de modèles de Vocaloids bien connus et une grille invisible, auxquels des effets de particules peuvent être attachés dans MME, une scène, quelques accessoires, et deux échantillons de ce que MMD peut faire, sous la forme de fichiers .pmm ; le type de fichier sous lequel les projets MMD sont enregistrés. À l’origine, le logiciel n’était disponible qu’en japonais, mais une version anglaise a été publiée ultérieurement. Des vidéos utilisant le logiciel sont régulièrement vues sur des sites tels que Nico Nico Douga et YouTube et sont populaires parmi les fans et les utilisateurs de Vocaloid. Un magazine qui distribue des modèles exclusifs à chaque numéro a également été produit en raison de cette popularité. Certains modèles pour Vocaloid peuvent également être utilisés pour la musique Vocaloid, allant jusqu’à être utilisés par les studios travaillant avec le logiciel Vocaloid.
De nombreuses personnes achètent également des magazines Windows 100% qui donnent des modèles exclusifs au public. Ils sortent une fois par mois et, en raison de la popularité, les créateurs de modèles donnent des modèles secrets, ainsi que les modèles pour lesquels les gens ont payé. La plupart d’entre eux ont tendance à être des Vocaloid ou des modèles qui n’ont pas de détenteur de droits d’auteur particulier.
Le 26 mai 2011, la mise à jour continue du logiciel a pris fin et la dernière version a été publiée. Dans une déclaration finale, le créateur a laissé le logiciel entre les mains des fans pour qu’ils continuent à le construire. Malgré cela, le code source n’a pas été publié, et le développeur n’a pas l’intention de le faire, ce qui rend impossible pour les gens de continuer à construire sur le logiciel original. Cependant, il existe des programmes alternatifs qui offrent des fonctionnalités similaires, comme MikuMikuMoving (le « remplacement » de MMD qui est mis à jour fréquemment et possède de nombreuses fonctionnalités de MMD, ainsi que de nouveaux formats de fichiers propres au programme, un support pour l’affichage monté sur tête Oculus Rift et une nouvelle interface utilisateur, entre autres), et le logiciel libre, Blender.
Entre-temps, plusieurs ajouts ont été faits à la version 7.39 de MMD, principalement l’ajout de la version x64, qui fonctionne mieux que la version normale et qui est conçue pour utiliser la puissance des ordinateurs 64 bits qui fait défaut aux ordinateurs 32 bits. Cela se traduit par de meilleures performances, des temps de rendu plus rapides et une meilleure qualité, pour n’en citer que quelques-uns.Cependant, le 1er juin 2013, le créateur de MikuMikuDance a commencé à publier des mises à jour pour le programme très soudainement. Après qu’il ait recommencé à publier des mises à jour, il y a eu 20 nouvelles versions et les versions 64 bits de celles-ci. Avant le 1er juin, la dernière version était la 7.39, qui a été publiée le 26 mai 2011. MMD ver. 7.39 a reçu plusieurs mises à jour du programme entre sa sortie initiale et le moment de la sortie de la ver. 7.39m. La plupart de ces mises à jour n’ont été effectuées que pour augmenter la compatibilité avec des modèles .pmx plus récents et plus avancés. On ignore pourquoi le créateur a recommencé à éditer le logiciel. Le 10 décembre 2019, la version 9.32 a été publiée, qui est la version la plus actuelle.
En décembre 2014, Sekai Project a annoncé qu’ils avaient acquis la permission de publier MikuMikuDance sur Steam. Cependant, En décembre 2020, il n’a pas été publié.
La première série télévisée d’anime à être entièrement produite avec le logiciel, Straight Title Robot Anime, a été diffusée en première le 5 février 2013.
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