Program pozwala użytkownikom na importowanie modeli 3D do wirtualnej przestrzeni, które mogą być odpowiednio przesuwane i animowane. Pozycjonowanie figur 3D może być łatwo zmienione, mimika twarzy może być zmieniona (tak długo jak model posiada morfy do wykorzystania), a dane ruchu mogą być zastosowane do modelu, aby go poruszyć. Oprócz tych funkcji dla modeli, akcesoria, sceny i tła mogą być dodawane w celu stworzenia środowiska, a efekty takie jak lens flares i AutoLuminous (efekt, który sprawia, że rzeczy świecą i podświetlają się) mogą być stosowane tak długo, jak wtyczka MikuMikuEffect (MME) jest zainstalowana w interfejsie. Dźwięk i muzyka mogą być również dodawane w celu tworzenia teledysków, krótkich filmów i historii tworzonych przez fanów. Dane ruchu używane do animacji postaci oraz dane pozowania używane głównie do tworzenia zrzutów ekranu mogą być eksportowane jako pliki .vmd (Vocaloid Motion Data) oraz .vpd (Vocaloid Pose Data). Wyeksportowane pliki mogą być następnie zaimportowane do innych projektów wykonanych za pomocą oprogramowania, które może używać tych typów plików. Pozwala to użytkownikom na dzielenie się danymi z innymi użytkownikami. Oprogramowanie wykorzystuje również silnik fizyki Bullet. Użytkownicy mogą również wykorzystać Kinect firmy Microsoft do przechwytywania ruchu. Możliwe jest również cieniowanie map, renderowanie zrzutów ekranu w kilku formatach plików graficznych oraz renderowanie pełnych filmów w formacie .avi.
Z wyjątkiem kilku modeli, scen, danych ruchu i akcesoriów, które są dostarczane z oprogramowaniem po pobraniu, cała zawartość, w tym modele 3D, jest dystrybuowana przez użytkowników, co oznacza, że wszystkie zasady i ograniczenia (lub ich brak) różnią się znacznie w zależności od przypadku. Zasady dotyczące większości modeli można znaleźć w pliku Readme, który może być plikiem .txt, pdf lub stroną internetową. Twórca, HiguchiM, oświadczył, że nie może składać żadnych obietnic co do tego, jak można lub nie można używać modeli innych użytkowników, i jest zwolniony z wszelkiej odpowiedzialności w tym temacie. Modele stworzone przez innych użytkowników są często dostępne do publicznego pobrania. Ponieważ MikuMikuDance jest wyłącznie oprogramowaniem do pozowania i animacji, modelarze używają oprogramowania do modelowania 3D, takiego jak Blender lub Metasequoia, aby stworzyć model i mapę UV, podczas gdy większość konwersji na platformę MMD (takich jak morfy twarzy, kości i ciała fizyczne) jest wykonywana za pomocą programu stworzonego wyłącznie do konwersji modeli MMD, PMD Editor lub jego następcy PMX Editor.
Oprogramowanie zawiera niewielką liczbę modeli znanych Vocaloidów i niewidzialną siatkę, do której można dołączyć efekty cząsteczkowe w MME, scenę, kilka akcesoriów i dwie próbki tego, co MMD może zrobić, w postaci plików .pmm; typ pliku, jako który zapisywane są projekty MMD. Oprogramowanie zostało pierwotnie wydane tylko w języku japońskim, jednak wersja angielska została wydana w późniejszym terminie. Filmy z użyciem tego oprogramowania są regularnie oglądane na stronach takich jak Nico Nico Douga i YouTube i są popularne wśród fanów Vocaloid i użytkowników. Z powodu tej popularności powstał również magazyn, który z każdym wydaniem rozdaje ekskluzywne modele. Niektóre modele dla Vocaloida mogą być również używane do muzyki Vocaloida, a następnie wykorzystywane przez studia pracujące z oprogramowaniem Vocaloida.
Wiele osób kupuje również magazyny Windows 100%, które dają modele ekskluzywne dla publiczności. Wychodzą one raz na miesiąc i ze względu na popularność, twórcy modeli wydają sekretne modele, jak również modele, za które ludzie zapłacili. Większość z nich to Vocaloidy lub modele, które nie mają konkretnego właściciela praw autorskich.
26 maja 2011 roku, ciągłe aktualizacje oprogramowania dobiegły końca i ostatnia wersja została wydana. W oświadczeniu końcowym twórca pozostawił oprogramowanie w rękach fanów, aby mogli je dalej rozbudowywać. Pomimo tego, kod źródłowy nie został udostępniony, a deweloper nie ma zamiaru tego zrobić, co uniemożliwia ludziom dalsze budowanie na oryginalnym oprogramowaniu. Jednak istnieją alternatywne programy, które zapewniają podobną funkcjonalność, takich jak MikuMikuMoving (MMD „zamiennik”, który jest aktualizowany często i ma wiele cech MMD, jak również nowe formaty plików unikalne dla programu, wsparcie dla Oculus Rift zamontowany na głowie wyświetlacz i nowy UI, wśród innych funkcji), a wolne oprogramowanie, Blender.
W międzyczasie do wersji 7.39 MMD dodano kilka dodatków, przede wszystkim wersję x64, która działa lepiej niż zwykła wersja i została zaprojektowana tak, aby wykorzystać moc komputerów 64-bitowych, której brakuje komputerom 32-bitowym. Powoduje to lepszą wydajność, szybsze czasy renderowania i wyższą jakość, aby name a few.However, on June 1, 2013, MikuMikuDance twórca zaczął wydawać aktualizacje dla programu bardzo nagle. Po tym, jak zaczął wydawać aktualizacje ponownie, było 20 nowych wersji i 64-bitowe wersje z nich. Przed 1 czerwca, najnowszą wersją była 7.39, która została wydana 26 maja 2011 roku. MMD ver. 7.39 otrzymał kilka aktualizacji programu pomiędzy jego pierwszym wydaniem a momentem wydania ver. 7.39m. Większość z tych aktualizacji została dokonana tylko w celu zwiększenia kompatybilności z nowszymi, bardziej zaawansowanymi modelami .pmx. Nie wiadomo, dlaczego twórca zaczął ponownie edytować oprogramowanie. 10 grudnia 2019 roku została wydana wersja 9.32, która jest najbardziej aktualną wersją.
W grudniu 2014 roku Sekai Project ogłosił, że uzyskali pozwolenie na wydanie MikuMikuDance na Steamie. Jednak od grudnia 2020 roku nie został wydany.
Pierwsza seria telewizyjna anime, która została w pełni wyprodukowana za pomocą oprogramowania, Straight Title Robot Anime, miała premierę 5 lutego 2013 roku.