Programmet gör det möjligt för användare att importera 3D-modeller till ett virtuellt rum som kan flyttas och animeras i enlighet med detta. 3D-figurernas placering kan enkelt ändras, ansiktsuttrycken kan ändras (så länge modellen har morphs att använda) och rörelsedata kan appliceras på modellen för att få den att röra sig. Tillsammans med dessa funktioner för modeller kan tillbehör, scener och bakgrunder läggas till för att skapa en miljö, och effekter som lens flares och AutoLuminous (en effekt som får saker att glöda och lysa upp) kan tillämpas så länge insticksprogrammet MikuMikuEffect (MME) är installerat i gränssnittet. Ljud och musik kan också läggas till för att skapa musikvideor, kortfilmer och berättelser för fans. De rörelsedata som används för att animera karaktärerna och de posedata som främst används för att göra skärmdumpar kan exporteras som .vmd-filer (Vocaloid Motion Data) respektive .vpd-filer (Vocaloid Pose Data). De exporterade filerna kan sedan importeras till andra projekt som görs med programvara som kan använda filtyperna. Detta gör det möjligt för användare att dela data med andra användare. Programvaran använder också Bullets fysikmotor. Användarna kan också använda Microsofts Kinect för rörelsefångst. Kartskuggning, skärmbildsrendering i flera bildfilformat och rendering av hela filmer i filformatet .avi är också möjligt.
Med undantag för några få modeller, scener, rörelsedata och tillbehör som följer med programvaran vid nedladdning distribueras allt innehåll, inklusive 3D-modellerna, av användarna, vilket innebär att alla regler och restriktioner (eller avsaknad av sådana) varierar kraftigt från fall till fall. De flesta modellernas regler finns i dess Readme-fil, som kan vara en .txt-, pdf- eller webbsidesfil. Skaparen, HiguchiM, har förklarat att han inte kan ge några löften om hur andra användares fanmodeller kan eller inte kan användas, och han är befriad från allt ansvar som rör detta ämne. Modeller som skapats av andra användare är ofta tillgängliga för offentlig nedladdning. Eftersom MikuMikuDance uteslutande är ett program för posering och animering använder modellbyggare 3D-modelleringsprogram, till exempel Blender eller Metasequoia, för att skapa modellen och UV-mappningen, medan majoriteten av konverteringen till MMD-plattformen (till exempel ansiktsmorphs, ben och fysiska kroppar) görs med ett program som är gjort uteslutande för MMD-modellkonvertering, PMD Editor eller dess efterföljare PMX Editor.
Mjukvaran i sig kommer med ett litet antal modeller av välkända Vocaloids och ett osynligt rutnät, till vilka partikeleffekter kan fästas i MME, en scen, några tillbehör och två exempel på vad MMD kan göra, i form av .pmm-filer; den filtyp som MMD-projekt sparas som. Programvaran släpptes ursprungligen endast på japanska, men en engelsk version släpptes senare. Videor som använder programmet syns regelbundet på webbplatser som Nico Nico Douga och YouTube och är populära bland Vocaloid-fans och -användare. En tidskrift som ger ut exklusiva modeller i varje nummer producerades också på grund av denna popularitet. Vissa modeller för Vocaloid kan också användas för Vocaloid-musik, som sedan används av studior som arbetar med Vocaloid-mjukvaran.
Många människor köper också Windows 100 %-tidningar som ger modeller som är exklusiva för allmänheten. Dessa kommer ut en gång i månaden och på grund av populariteten ger modellskaparna ut hemliga modeller, liksom de modeller som folk har betalat för. De flesta av dessa tenderar att vara Vocaloid-modeller eller modeller som inte har någon särskild upphovsrättsinnehavare.
Den 26 maj 2011 upphörde den kontinuerliga uppdateringen av programvaran och den sista versionen släpptes. I ett avslutande uttalande lämnade skaparen programvaran i händerna på fansen för att fortsätta att bygga vidare på den. Trots detta har källkoden inte släppts och utvecklaren har inga planer på att göra det, vilket gör det omöjligt för människor att fortsätta bygga vidare på den ursprungliga programvaran. Det finns dock alternativa program som ger liknande funktioner, till exempel MikuMikuMoving (MMD:s ”ersättare” som uppdateras ofta och har många av MMD:s funktioner, samt nya filformat som är unika för programmet, stöd för den huvudmonterade skärmen Oculus Rift och ett nytt användargränssnitt, bland annat), och den fria programvaran Blender.
Inom det och fram till nu har det gjorts flera tillägg till MMD version 7.39, främst tillägget av x64-versionen, som körs bättre än den normala versionen och är utformad för att utnyttja kraften i 64-bitarsdatorer som 32-bitarsdatorer saknar. Detta resulterar i bättre prestanda, snabbare renderingstider och högre kvalitet, för att nämna några. 1 juni 2013 började dock MikuMikuDance’s skapare att släppa uppdateringar för programmet väldigt plötsligt. Efter att han började släppa uppdateringar igen har det kommit 20 nya versioner och 64-bitarsversionerna av dem. Före den 1 juni var den senaste versionen 7.39, som släpptes den 26 maj 2011. MMD ver. 7.39 fick flera programuppdateringar mellan den första utgåvan och tidpunkten för ver. 7.39m. De flesta av dessa uppdateringar gjordes endast för att öka kompatibiliteten med nyare, mer avancerade .pmx-modeller. Det är okänt varför skaparen började redigera programmet igen. Den 10 december 2019 släpptes version 9.32 som är den mest aktuella versionen.
I december 2014 meddelade Sekai Project att de hade fått tillstånd att släppa MikuMikuDance på Steam. I december 2020 hade den dock inte släppts.
Den första anime-tv-serien som producerades helt och hållet med programvaran, Straight Title Robot Anime, hade premiär den 5 februari 2013.