Software umožňuje uživatelům importovat 3D modely do virtuálního prostoru, které lze podle toho přesouvat a animovat. Umístění 3D postav lze snadno měnit, lze měnit výrazy obličeje (pokud má model morfy, které lze použít) a na model lze aplikovat pohybová data, aby se pohyboval. Spolu s těmito funkcemi pro modely lze přidávat doplňky, scény a pozadí a vytvářet tak prostředí, a pokud je v rozhraní nainstalován zásuvný modul MikuMikuEffect (MME), lze použít efekty, jako jsou lens flares a AutoLuminous (efekt, který způsobuje, že věci září a svítí). Lze také přidávat zvuk a hudbu a vytvářet tak hudební videa, krátké filmy a fanouškovské příběhy. Pohybová data používaná k animaci postav a pózovací data používaná hlavně k vytváření snímků obrazovky lze exportovat jako soubory .vmd (Vocaloid Motion Data), respektive .vpd (Vocaloid Pose Data). Exportované soubory lze poté importovat do jiných projektů vytvořených pomocí softwaru, který tyto typy souborů umí používat. Uživatelé tak mohou data sdílet s ostatními uživateli. Software rovněž využívá fyzikální engine Bullet. Uživatelé mohou pro snímání pohybu používat také Kinect od společnosti Microsoft. Možné je také stínování map, vykreslování snímků obrazovky v několika formátech obrázkových souborů a vykreslování celého filmu ve formátu .avi.
S výjimkou několika modelů, fází, pohybových dat a příslušenství, které jsou dodávány se softwarem při stažení, je veškerý obsah, včetně 3D modelů, šířen uživateli, což znamená, že veškerá pravidla a omezení (nebo jejich absence) se v jednotlivých případech značně liší. Pravidla většiny modelů lze nalézt v jejich souboru Readme, což může být soubor ve formátu .txt, pdf nebo webová stránka. Tvůrce, HiguchiM, prohlásil, že nemůže nic slíbit ohledně toho, jak lze nebo nelze používat fanouškovské modely jiných uživatelů, a je zproštěn veškeré odpovědnosti týkající se tohoto tématu. Modely vytvořené jinými uživateli jsou často k dispozici ke stažení pro veřejnost. Vzhledem k tomu, že MikuMikuDance je výhradně pózovací a animační software, používají modeláři k vytvoření modelu a UV mapy 3D modelovací software, například Blender nebo Metasequoia, zatímco většina převodů na platformu MMD (například morfy obličeje, kosti a fyzická těla) se provádí pomocí programu vytvořeného výhradně pro převod modelů MMD, PMD Editor nebo jeho nástupce PMX editor.
Samotný software se dodává s malým počtem modelů známých Vocaloidů a neviditelnou mřížkou, ke kterým lze v MME připojit částicové efekty, scénou, několika doplňky a dvěma ukázkami toho, co MMD umí, v podobě souborů .pmm; typ souboru, do kterého se projekty MMD ukládají. Software byl původně vydán pouze v japonštině, později však byla vydána i anglická verze. Videa využívající tento software jsou pravidelně k vidění na stránkách jako Nico Nico Douga a YouTube a jsou oblíbená mezi fanoušky a uživateli Vocaloidů. Díky této popularitě vznikl také časopis, který s každým číslem rozdává exkluzivní modely. Některé modely pro Vocaloid mohou být použity také pro hudbu Vocaloid a dále je používají studia pracující se softwarem Vocaloid.
Mnoho lidí si také kupuje časopisy Windows 100%, které dávají exkluzivní modely pro veřejnost. Ty vycházejí jednou měsíčně a vzhledem k popularitě tvůrci modelů vydávají tajné modely, stejně jako modely, za které lidé zaplatili. Většinou se jedná o modely Vocaloid nebo modely, které nemají konkrétního držitele autorských práv.
Dne 26. května 2011 skončila průběžná aktualizace softwaru a byla vydána poslední verze. V závěrečném prohlášení tvůrce ponechal software v rukou fanoušků, aby na něm dále stavěli. Navzdory tomu nebyl zdrojový kód zveřejněn a tvůrce to ani nemá v úmyslu, což lidem znemožňuje na původním softwaru dále stavět. Existují však alternativní programy, které poskytují podobné funkce, například MikuMikuMoving („náhrada“ MMD, která je často aktualizována a má mnoho funkcí MMD a mimo jiné také nové formáty souborů, které jsou pro tento program jedinečné, podporu pro náhlavní displej Oculus Rift a nové uživatelské rozhraní) a bezplatný software Blender.
Mezi tehdejší a současnou verzí MMD 7.39 došlo k několika doplněním, především k přidání verze x64, která běží lépe než běžná verze a je určena k využití výkonu 64bitových počítačů, který 32bitovým počítačům chybí. Výsledkem je mimo jiné lepší výkon, rychlejší vykreslování a vyšší kvalita. 1. června 2013 však tvůrce programu MikuMikuDance začal velmi náhle vydávat aktualizace programu. Poté, co začal aktualizace opět vydávat, se objevilo 20 nových verzí a z nich 64bitové verze. Před 1. červnem byla poslední verzí verze 7.39, která byla vydána 26. května 2011. MMD ver. 7.39 obdržel několik aktualizací programu v době od svého prvního vydání do doby vydání ver. 7.39m vydání. Většina těchto aktualizací byla provedena pouze za účelem zvýšení kompatibility s novějšími, pokročilejšími modely .pmx. Není známo, proč tvůrce začal program znovu upravovat. Dne 10. prosince 2019 byla vydána verze 9.32, která je nejaktuálnější.
V prosinci 2014 společnost Sekai Project oznámila, že získala povolení k vydání MikuMikuDance na platformě Steam. Od prosince 2020 však vydána nebyla.
První anime televizní seriál, který byl plně vytvořen pomocí softwaru, Straight Title Robot Anime, měl premiéru 5. února 2013.