En del av det som i dag är delstaten Mississippi ingick i republiken Västflorida, som utropades 1810 av amerikanska bosättare i opposition till det spanska styret. Deras flagga hade en blå bakgrund med en enda vit stjärna i mitten. (En liknande design användes på 1830-talet av självständighetsvänliga amerikaner i Texas). Den hissades den 9 januari 1861, när Mississippi antog sin Secessionsförordning innan den anslöt sig till Amerikas konfedererade stater. Den blåvita flaggan blev känd i hela södern som Bonnie Blue Flag. Den 26 januari samma år antog Mississippi Magnolia-flaggan, med det inhemska trädet på ett vitt fält; kantonen var blå med en central vit stjärna i mitten, vilket innebar att Bonnie Blue-designen införlivades. Magnoliaflaggan tycks inte ha använts efter inbördeskrigets slut; magnoliaen utsågs dock till delstatens officiella träd 1938.
En ny delstatskonstitution antogs 1890; den var resultatet av en vit majoritet som ville minimera de lokala svartas och den federala regeringens inflytande i delstatens angelägenheter. Som en symbol för maktskiftet antog delstaten den 7 februari 1894 en ny flagga som troligen skapades av den amerikanske senatorn E.N. Scudder. Dess tre horisontella ränder påminde om konfederationens stjärnor och stänger, medan konfederationens stridsflagga utgjorde dess kanton. Separationen av kantonen från de blå och röda ränderna genom en vit fimbrering (smal kant) bekräftades genom ett guvernörsdekret 1996.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Många Mississippianer motsatte sig 1894 års utformning och hävdade att den påminde om svart slaveri och rasistiska traditioner, men många anhängare av flaggan hävdade att den representerade delstatens stolthet och sydstatsarv. När delstatens högsta domstol granskade en relaterad rättslig prövning år 2000 fastställde den att flaggan av misstag hade utelämnats i en revidering av delstatens stadgar 1906; därför hade flaggan upphört att vara laglig vid den tidpunkten. Den 6 maj 2000 godkände guvernören användningen av designen som en tillfällig flagga, och i en folkomröstning i hela delstaten den 17 april 2001 godkändes den befintliga flaggan framför en föreslagen alternativ design som skulle ha utelämnat konfederationens stridsflagga.
Inom 2020 ledde de rikstäckande protesterna mot polisbrutalitet mot svarta amerikaner till en bredare granskning av rasrelaterade orättvisor i Förenta staterna, och det förekom förnyad kritik mot närvaron av konfederationens stridsflagga i delstatens flaggdesign. Den 28 juni antog Mississippis lagstiftande församling ett lagförslag om att pensionera den nuvarande versionen av flaggan och beställa utformningen av en ny. Lagförslaget undertecknades som lag av delstatens guvernör den 30 juni. Enligt lagen skulle den nya utformningen innehålla orden ”In God We Trust” och förbjöd användningen av konfederationens stridsflagga. Den nya design som slutligen valdes ut innehöll en central magnoliablomma omgiven av 20 vita stjärnor, en guldstjärna och mottot ”In God We Trust” mot ett fält med ojämna vertikala ränder i rött, guld och blått. Det godkändes av Mississippis väljare genom en folkomröstning den 3 november. Ett lagförslag för att officiellt anta den godkända flaggdesignen ratificerades av delstatens representanthus den 5 januari 2021 och av delstatens senat den 6 januari; det undertecknades som lag av guvernören den 11 januari.
Magnoliaen i mitten av flaggan, som länge varit en symbol för Mississippi, representerar också gästfrihet, hopp och pånyttfödelse. Cirkeln med 20 vita stjärnor återspeglar Mississippis rang som den 20:e delstaten som antogs i Amerikas förenta stater; guldstjärnan representerar det indianska folket som var de ursprungliga invånarna i det land som skulle bli delstaten Mississippi. Det blå som används i den vertikala mittremsan påminner om det blå i USA:s flagga och representerar vaksamhet, rättvisa och uthållighet. Rött, som används i de två yttre ränderna, står för uthållighet och mod. Guld, som används i två tunna ränder och magnolians ståndare, är tänkt som en vinkning till Mississippis kulturarv.