Politisk enighet
Jinnahs ansträngningar för att få till stånd en politisk union mellan hinduer och muslimer gav honom titeln ”den bäste ambassadören för hinduisk-muslimsk enighet”, ett epitet som myntades av Gokhale. Det var till stor del tack vare hans insatser som Kongresspartiet och Muslimska förbundet började hålla sina årsmöten gemensamt, för att underlätta ömsesidigt samråd och deltagande. År 1915 höll de två organisationerna sina möten i Bombay och 1916 i Lucknow, där Lucknowpakten slöts. Enligt villkoren i pakten satte de två organisationerna sin stämpel på en plan för konstitutionella reformer som blev deras gemensamma krav gentemot den brittiska regeringen. Det var en hel del givande och tagande, men muslimerna fick en viktig eftergift i form av separata valkretsar, något som regeringen redan 1909 hade medgett dem, men som kongressen hittills hade motsatt sig.
Under tiden hade en ny kraft i den indiska politiken dykt upp i Mohandas (Mahatma) Gandhis gestalt. Både Home Rule League och Kongresspartiet hade hamnat under hans inflytande. Jinnah, som motsatte sig Gandhis icke-samarbetsrörelse och hans i huvudsak hinduiska inställning till politiken, lämnade både ligan och kongresspartiet 1920. Under några år höll han sig borta från de viktigaste politiska rörelserna. Han fortsatte att vara en stark anhängare av hinduisk-muslimsk enhet och konstitutionella metoder för att uppnå politiska mål. Efter sitt utträde ur kongressen använde han Muslimska förbundets plattform för att sprida sina åsikter. Men under 1920-talet hade Muslimska förbundet, och med det Jinnah, hamnat i skuggan av kongressen och den religiöst inriktade muslimska Khilafat-rörelsen.
När icke-samarbetsrörelsens misslyckande och framväxten av hinduiska väckelserörelser ledde till motsättningar och upplopp mellan hinduer och muslimer började Muslimska förbundet förlora i styrka och sammanhållning, och muslimska ledare i provinserna bildade egna partier för att tjäna sina behov. Jinnahs problem under de följande åren var således att omvandla det muslimska förbundet till ett upplyst, enat politiskt organ som var berett att samarbeta med andra organisationer som arbetade för Indiens bästa. Dessutom var han tvungen att övertyga Kongresspartiet, som en förutsättning för politiska framsteg, om nödvändigheten av att lösa konflikten mellan hinduer och muslimer.
Att åstadkomma ett sådant närmande var Jinnahs huvudsyfte under slutet av 1920-talet och början av 1930-talet. Han arbetade för detta ändamål inom den lagstiftande församlingen, vid rundabordskonferensen i London (1930-32) och genom sina ”14 punkter”, som innehöll förslag om en federal regeringsform, större rättigheter för minoriteter, en tredjedels representation för muslimer i den centrala lagstiftande församlingen, åtskillnad mellan den huvudsakligen muslimska Sindh-regionen och resten av Bombay-provinsen samt införande av reformer i den nordvästra gränsprovinsen. Hans misslyckande med att få till stånd ens mindre ändringar i Nehrukommitténs förslag (1928) i frågan om separata valkretsar och reservering av platser för muslimer i de lagstiftande församlingarna frustrerade honom. Han befann sig i en märklig situation vid den tiden: många muslimer ansåg att han var alltför nationalistisk i sin politik och att de muslimska intressena inte var säkra i hans händer, samtidigt som kongresspartiet inte ens ville tillmötesgå de moderata muslimska kraven på halva vägen. Faktum är att det muslimska förbundet var ett hus som var splittrat mot sig självt. Punjabs muslimska förbund förkastade Jinnahs ledarskap och organiserade sig separat. I avsky beslöt Jinnah att bosätta sig i England. Från 1930 till 1935 stannade han kvar i London och ägnade sig åt att praktisera inför Privy Council. Men när konstitutionella förändringar var i antågande övertalades han att återvända hem för att leda ett ombildat muslimskt förbund.
Snart började förberedelserna för valen enligt lagen om Indiens regering från 1935. Jinnah tänkte fortfarande i termer av samarbete mellan Muslimska förbundet och det hindukontrollerade Kongresspartiet och med koalitionsregeringar i provinserna. Men valen 1937 visade sig bli en vändpunkt i relationerna mellan de två organisationerna. Kongressen fick absolut majoritet i sex provinser, och ligan gjorde inte särskilt bra ifrån sig. Kongresspartiet beslutade att inte inkludera ligan i bildandet av provinsregeringar, och exklusiva regeringar med enbart kongressmedlemmar blev resultatet. Relationerna mellan hinduer och muslimer började försämras, och snart blev det muslimska missnöjet gränslöst.