Ein großer Teil des Riffs wird durch das Belize Barrier Reef Reserve System geschützt, das sieben Meeresreservate, 450 Cayes und drei Atolle umfasst. Die Gesamtfläche beträgt 960 Quadratkilometer, darunter:
- Glover’s Reef Marine Reserve
- Great Blue Hole
- South Water Caye Marine Reserve
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan Marine Reserve
- Zu den Cayes gehören: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye, und Sandbore Caye.
Im Jahr 1996 wurde das Reservatssystem aufgrund seiner Verletzlichkeit und der Tatsache, dass es die wichtigsten und bedeutendsten natürlichen Lebensräume für die In-situ-Erhaltung der biologischen Vielfalt enthält (gemäß den Kriterien VII, IX und X), zum Weltnaturerbe erklärt.
Belize war das erste Land der Welt, das im Dezember 2010 die Grundschleppnetzfischerei vollständig verbot. Im Dezember 2015 verbot Belize Offshore-Ölbohrungen im Umkreis von 1 km um das Barriereriff.
Trotz dieser Schutzmaßnahmen ist das Riff weiterhin durch Meeresverschmutzung sowie unkontrollierten Tourismus, Schifffahrt und Fischerei bedroht. Weitere Bedrohungen sind Wirbelstürme sowie die globale Erwärmung und der daraus resultierende Anstieg der Meerestemperaturen, der zur Korallenbleiche führt. Nach Angaben von Wissenschaftlern sind seit 1998 über 40 % des Korallenriffs von Belize geschädigt worden.
Das Belize Barrier Reef ist von Massenbleiche betroffen. Die erste Massenbleiche ereignete sich 1995 mit einer geschätzten Sterblichkeit von 10 Prozent der Korallenkolonien, wie aus einem Bericht des Coastal Zone Management Institute in Belize hervorgeht. Ein zweites Massenbleiche-Ereignis ereignete sich, als der Hurrikan Mitch 1998 zuschlug. Biologen beobachteten im gesamten Riffsystem von Belize einen Rückgang der lebenden Korallen um 48 Prozent.
In der Regel ist es schwer zu unterscheiden, ob der Grund für die Korallenbleiche menschliche Aktivitäten oder natürliche Ursachen wie Stürme oder bakterielle Schwankungen sind. Doch im Fall des Belize Barrier Reefs treffen viele Faktoren, die eine Unterscheidung schwierig machen, nicht zu. Die menschliche Bevölkerung in diesem Gebiet ist viel spärlicher als in den entsprechenden Gebieten in der Nähe anderer Korallenriffe, so dass die menschlichen Aktivitäten und die Verschmutzung im Vergleich zu anderen Korallenriffen viel geringer sind, und das Riffsystem von Belize befindet sich in einem viel geschlosseneren Gebiet.
Wenn die Korallenbleiche auftritt, stirbt ein großer Teil der Korallen ab, und der verbleibende Teil des Ökosystems beginnt mit dem Prozess der Reparatur des Schadens. Die Chancen auf eine Erholung sind jedoch gering, da gebleichte Korallen viel anfälliger für Krankheiten sind. Durch Krankheiten sterben oft mehr Korallen als durch die Bleiche selbst. Bei anhaltender Bleiche hat das Korallenriff wenig bis gar keine Chance, sich zu erholen.