En stor del av revet skyddas av Belize Barrier Reef Reserve System, som omfattar sju marina reservat, 450 cayes och tre atoller. Det har en total yta på 960 kvadratkilometer, inklusive:
- Glover’s Reef Marine Reserve
- Great Blue Hole
- South Water Caye Marine Reserve
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan Marine Reserve
- Cayes inkluderar: George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye och Sandbore Caye.
År 1996 utsågs reservatsystemet till världsarv på grund av sin sårbarhet och det faktum att det innehåller de viktigaste och mest betydelsefulla naturliga livsmiljöerna för in situ-bevarande av biologisk mångfald (enligt kriterierna VII, IX och X).
Belize blev det första landet i världen som helt förbjöd bottentrålning i december 2010. I december 2015 förbjöd Belize oljeborrning till havs inom 1 km från barriärrevet.
Trots dessa skyddsåtgärder är revet fortfarande hotat av havsföroreningar samt okontrollerad turism, sjöfart och fiske. Andra hot är orkaner samt den globala uppvärmningen och den därav följande ökningen av havstemperaturen, som orsakar korallblekning. Forskare hävdar att över 40 procent av Belizes korallrev har skadats sedan 1998.
Belizes barriärrev har drabbats av massblekning. Den första massblekningen inträffade 1995, med en uppskattad dödlighet på 10 procent av korallkolonierna, enligt en rapport från Coastal Zone Management Institute i Belize. En andra massblekning inträffade när orkanen Mitch slog till 1998. Biologer observerade en 48-procentig minskning av täckningen av levande koraller i hela revsystemet i Belize.
I vanliga fall är det svårt att särskilja om orsaken till korallblekning är mänsklig verksamhet eller naturliga orsaker som stormar eller bakteriesvängningar. Men i fallet med Belize barriärrev är det många faktorer som gör distinktionen svår att göra som inte gäller. Den mänskliga befolkningen i detta område är mycket glesare än motsvarande områden i närheten av andra korallrev, så den mänskliga aktiviteten och föroreningarna är mycket lägre jämfört med andra korallrev och Belize revsystem ligger i ett mycket mer slutet område.
När korallblekning inträffar dör en stor del av korallerna och den återstående delen av ekosystemet börjar processen att reparera skadan. Men chanserna till återhämtning är små, eftersom koraller som blekts blir mycket mer sårbara för sjukdomar. Sjukdomar dödar ofta fler koraller än själva blekningen. Vid kontinuerlig blekning har korallreven liten eller ingen chans att återhämta sig.