Una gran parte del arrecife está protegida por el Sistema de Reservas de la Barrera de Coral de Belice, que incluye siete reservas marinas, 450 cayos y tres atolones. Su superficie total es de 960 kilómetros cuadrados, e incluye:
- Reserva Marina de Arrecife de los Enamorados
- Gran Agujero Azul
- Reserva Marina de Cayo Agua del Sur
- Monumento Natural de Cayo Media Luna
- Reserva Marina de Hol Chan
- Los cayos incluyen: Cayo Ambergris, Cayo Caulker, Cayo Chapel, Cayo Carrie Bow, Cayo St. George, Cayo English, Cayo Rendezvous, Cayo Gladden, Cayo Ranguana, Cayo Long, Cayo Moho, Cayo Blackbird, Cayo Three Corner, Cayo Northern, Cayo Tobacco y Cayo Sandbore.
En 1996 el sistema de reservas fue designado Patrimonio de la Humanidad debido a su vulnerabilidad y a que contiene los hábitats naturales más importantes y significativos para la conservación in situ de la diversidad biológica (según los criterios VII, IX y X).
Belice se convirtió en el primer país del mundo en prohibir completamente la pesca de arrastre de fondo en diciembre de 2010. En diciembre de 2015, Belice prohibió las perforaciones petrolíferas en alta mar a menos de 1 km de la barrera de coral.
A pesar de estas medidas de protección, el arrecife sigue estando amenazado por la contaminación oceánica, así como por el turismo, la navegación y la pesca incontrolados. Otras amenazas son los huracanes, junto con el calentamiento global y el consiguiente aumento de la temperatura del océano, que provoca la decoloración del coral. Los científicos afirman que más del 40% del arrecife de coral de Belice ha sufrido daños desde 1998.
La barrera de coral de Belice se ha visto afectada por eventos de blanqueo masivo. El primer blanqueo masivo se produjo en 1995, con una mortalidad estimada del 10% de las colonias de coral, según un informe del Instituto de Gestión de la Zona Costera de Belice. En 1998, el huracán Mitch provocó un segundo blanqueamiento masivo. Los biólogos observaron una reducción del 48% en la cubierta de coral vivo en todo el sistema de arrecifes de Belice.
Por lo general, es difícil distinguir si la razón del blanqueamiento del coral son las actividades humanas o las razones naturales, como las tormentas o las fluctuaciones bacterianas. Pero en el caso de la barrera de coral de Belice, muchos factores que dificultan la distinción no son aplicables. La población humana en esta zona es mucho más escasa que las zonas correspondientes cerca de otros arrecifes de coral, por lo que la actividad humana y la contaminación son mucho menores en comparación con otros arrecifes de coral y el sistema de arrecifes de Belice se encuentra en una zona mucho más cerrada.
Cuando se produce el blanqueamiento del coral, una gran parte del coral muere, y la parte restante del ecosistema comienza el proceso de reparación del daño. Pero las posibilidades de recuperación son escasas, ya que los corales blanqueados se vuelven mucho más vulnerables a las enfermedades. Las enfermedades suelen matar más corales que el propio blanqueo. Con un blanqueamiento continuo, el arrecife de coral tendrá pocas o ninguna posibilidad de recuperarse.