Duża część rafy jest chroniona przez Belize Barrier Reef Reserve System, który obejmuje siedem rezerwatów morskich, 450 cayes, i trzy atole. Łącznie jest to 960 kilometrów kwadratowych (370 sq mi) powierzchni, w tym:
- Glover’s Reef Marine Reserve
- Great Blue Hole
- South Water Caye Marine Reserve
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan Marine Reserve
- Cayes include: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye i Sandbore Caye.
W 1996 roku system rezerwatów został uznany za obiekt Światowego Dziedzictwa ze względu na jego wrażliwość i fakt, że zawiera najważniejsze i najbardziej znaczące siedliska przyrodnicze dla zachowania in-situ różnorodności biologicznej (zgodnie z kryteriami VII, IX i X).
Belize stało się pierwszym krajem na świecie, który całkowicie zakazał trałowania dennego w grudniu 2010 roku. W grudniu 2015 roku Belize zakazało morskich wierceń naftowych w promieniu 1 km od Rafy Koralowej.
Mimo tych środków ochronnych rafa pozostaje zagrożona przez zanieczyszczenia oceaniczne, a także niekontrolowaną turystykę, żeglugę i rybołówstwo. Inne zagrożenia to huragany, a także globalne ocieplenie i związany z nim wzrost temperatury oceanu, który powoduje bielenie koralowców. Naukowcy twierdzą, że ponad 40% rafy koralowej w Belize zostało uszkodzone od 1998 r.
Refa Koralowa Belize została dotknięta masowymi przypadkami wybielania. Pierwsze masowe wybielanie miało miejsce w 1995 roku, z szacowaną śmiertelnością 10% kolonii koralowych, według raportu Instytutu Zarządzania Strefą Przybrzeżną w Belize. Drugi przypadek masowego wybielania miał miejsce, gdy w 1998 roku uderzył huragan Mitch. Biolodzy zaobserwowali 48-procentową redukcję żywej koralowej pokrywy w całym systemie rafowym Belize.
Zwykle trudno jest odróżnić, czy powodem wybielania koralowców jest działalność człowieka, czy też przyczyny naturalne, takie jak burze lub fluktuacje bakteryjne. Jednak w przypadku Rafy Koralowej Belize wiele czynników, które utrudniają to rozróżnienie, nie ma zastosowania. Populacja ludzka na tym obszarze jest znacznie mniejsza niż na odpowiednich obszarach w pobliżu innych raf koralowych, więc działalność człowieka i zanieczyszczenia są znacznie niższe w porównaniu z innymi rafami koralowymi, a system rafowy Belize znajduje się na znacznie bardziej zamkniętym obszarze.
Gdy występuje wybielanie koralowców, duża część koralowców umiera, a pozostała część ekosystemu rozpoczyna proces naprawy szkód. Jednak szanse na odbudowę są niewielkie, ponieważ koralowce, które uległy wybieleniu stają się dużo bardziej podatne na choroby. Choroby często zabijają więcej koralowców niż samo zjawisko wybielania. Przy ciągłym bieleniu, rafa koralowa będzie miała małe lub żadne szanse na odbudowę.