Kree hrdina Captain Marvel, který dorazí na Zemi po delším pobytu v alternativní dimenzi Negativní zóna, je zajat několika členy superhrdinského týmu Avengers – Quicksilverem, Scarlet Witch a androidním hrdinou Visionem – za pomoci Mar-Vellova (hrdinovo pravé kree jméno) občasného společníka Ricka Jonese a samotného Mar-Vella. Později vyjde najevo, že v tomto období zplodil dítě se skrullskou princeznou Annelle. To je nezbytné, protože Mar-Vell nechtěně absorboval smrtelné množství radiace, kterou strávil několik týdnů v Negativní zóně, a pokud se nebude léčit, bude to pro něj smrtelné. Vision s pomocí vědce odčerpá z Mar-Vella přebytečnou radiaci.
V retrospektivní sekvenci je vysvětleno, že Avengers zaznamenali poplach z Baxter Building, sídla Fantastické čtyřky. Avengers dorazí do budovy a zjistí, že Mar-Vell používá portál do Negativní zóny – vytvořený Reedem Richardsem – a snaží se osvobodit Ricka Jonese od nutnosti „sdílet molekuly“ (střídavě ve stejném prostoru, jeden na Zemi a druhý uvězněný v Negativní zóně až do výměny). Mar-Vell je úspěšný, ačkoli zatímco je portál do Zóny otevřený, Avengers jsou nuceni zahnat zpět entitu Annihilus, která se pokouší ze Zóny uniknout. Mar-Vell využije rozptýlení a ukradne Avengers quinjet, který je vystopován, jakmile si Avengers uvědomí, že hrdina Kree absorboval smrtelné množství radiace. Flashback končí a skupina je poté napadena robotem Sentrym, který Mar-Vella zajme a uteče. Avengers jsou vyslýcháni Mar-Vellovou bývalou kolegyní Carol Danversovou.
Avengers reagují na telefonát svého kolegy Goliáše, který jim oznámí, že odpovídá na nouzové volání Avenger Janet Pymové, známé také jako Wasp. Spolu s manželem a dalším členem Henrym Pymem byla dvojice na cestě lodí na výzkumnou základnu za polárním kruhem, kde měli zkoumat vliv těžby ropy na životní prostředí. Dvojice zřejmě našla bujný ostrov, který zkoumala jako Wasp a Yellowjacket. Yellowjacket uhodne pravdu a odstrčí Wasp ještě předtím, než dorazí na ostrov. Když zmizí, Wasp na oplátku přivolá Goliáše.
Avengers dorazí a jsou opět napadeni Sentrym, kterému nyní pomáhá zhypnotizovaný Goliáš. Avengers Goliáše porazí, ale nedokážou zastavit Sentryho, který zajme všechny kromě Quicksilvera. Odhalí se, že viníkem je Ronan the Accuser, nyní psanec Kree. Ronan zahájí „Plán Atavus“, jehož záměrem je přenést Zemi do pravěku a použít ji jako základnu ve válce proti Skrullům. Ronan hrdinům ukáže, jak se výzkumní vědci na základně a Henry Pym zvrhli v jeskynní lidi, kteří nyní touží po Janet Pymové. Quicksilver dorazí a zaútočí a Ronan bitvu ukončí, když je kontaktován a upozorněn na blížící se útok Skrullů na domovskou planetu Kree Hala. Sentry postrádá smysl, a tak se sám zničí. Avengers a Mar-Vell se vzpamatují a zjistí, že Pym a ostatní vědci se stejně jako prostředí vrátili do normálu.
Mar-Vellova existence je odhalena, když vědci oznámí úřadům, čeho byli svědky, a je vytvořena „Komise pro mimozemské aktivity“, kterou vede senátor H. Warren Craddock. Avengers souhlasí s účastí na slyšení, ale od toho je upuštěno, když Avengers odmítnou vydat Mar-Vella. Avengers povzbudí Mar-Vella, aby odešel s Danversovou na soukromou farmu, a přestože je pronásleduje Nick Fury ze S.H.I.E.L.D.u, uniknou. Avengers se vypořádají s frustrovanými členy veřejnosti, kteří piketují v sídle Avengers a poté si vynutí vstup do budovy, aby ji zdemolovali.
Avengers Captain America, Iron Man a Thor se zřejmě vrátí do sídla a oznámí, že vzhledem k chování týmu je nyní navždy rozpuštěn. Quicksilver, Scarlet Witch a Vision se rozhodnou odejít a zkontrolovat Mar-Vella, ale během cesty jsou napadeni něčím, co zprvu vypadá jako tři krávy. Krávy vystřelí energetické paprsky, které ochromí Visiona, který se sice dokáže stát nehmotným, ale nemůže se hýbat. Quicksilver a Scarlet Witch jsou zajati, když se krávy promění ve tři členy Fantastické čtyřky a poté odhalí, že jsou to ve skutečnosti Skrullové, odvěcí nepřátelé Kree. Danversová zároveň zavedla Mar-Vella ke skrullské lodi, o níž tvrdí, že ji našla, a přesvědčí Mar-Vella, aby sestrojil „Omni-Wave Projector“, komunikační zařízení, které je v rukou ne-Kree smrtící zbraní. Mar-Vell však podvod prokoukne (protože jeho pravé jméno neznají žádní lidé, pouze Skrullové) a zařízení zničí, ale je zajat Danversovou (nyní se ukáže, že je ve skutečnosti Super-Skrullem) a spolu s Quicksilverem a Scarlet Witch je odvezen ze Země.
Ačkoli je Vision zraněn, dokáže se vrátit do sídla Avengers, kde se shromáždili zakládající členové Captain America, Iron Man, Thor a Henry Pym (nyní ve své původní identitě Ant-Mana). Ant-Man se zmenší do mikroskopické velikosti, vstoupí do Visiona a dokáže androida opravit. Ant-Man odchází a při výslechu zotavujícího se Visiona Avengers zjistí, že to byli Skrullové – dříve převlečení za krávy -, kdo rozpustil tým. Čtveřice Avengers Skrully najde a zajme k výslechu a zjistí, že mimozemšťané jsou ve skutečnosti tři ze čtyř členů původního průzkumného týmu, který kdysi navštívil Zemi a bojoval s Fantastickou čtyřkou. Poté jsou Avengers napadeni týmem tří Mandroidů, které vyslal senátor Craddock, aby hrdiny zatkli za nespolupráci. Iron Man (tajně Tony Stark) Mandroidy navrhne a přetíží jejich brnění elektrickým výbojem.
V téže době dorazí Triton z Inhumans, který nemůže Fantastickou čtyřku najít a požádá Avengers o pomoc při hledání jejich vládce Black Bolta, kterého potřebují, protože jeho bratr Maximus Šílený se chopil moci v jejich domovině Attilanu. Avengers pomáhají Tritonovi a po nalezení Black Bolta doprovázejí Inhumans na Attilan. Ukáže se, že Maximus uzavřel spojenectví s Kree a výměnou za vládu využívá technologii Kree k ovládání obyvatelstva s úmyslem použít je jako vojáky proti Skrullům. Avengers porazí Maximuse a jeho přisluhovače a po obnovení moci Černého Bolta odletí (spolu s Goliášem) do skrullského prostoru s úmyslem zachránit své druhy.
Mar-Vell je odveden do srdce Skrullské říše a poté, co je mu oznámeno, že zajatí Avengers budou popraveni, je donucen sestrojit další Omni-Wave Projektor. Avengers dorazí do skrullského prostoru a zadrží mimozemskou flotilu, zatímco Mar-Vell je nucen použít Projektor, který dočasně osvobozeného Ricka Jonese uvrhne zpět do Negativní zóny. Jonese ze Zóny zachrání vládce Kree Nejvyšší inteligence, který v samotném Ricku Jonesovi odemkne skryté mentální schopnosti (Sílu osudu), Rick pak spolu s Avengers vyšle vlnu hrdinů Zlatého věku proti Skrullům a ukončí válku. Síla osudu také vrátí senátora Craddocka na Zemi do jeho pravé skrullovské podoby, čímž odhalí, že byl čtvrtým Skrullem z pozemské výpravy, a následně je zabit rozzuřeným davem. Hrdinové se vracejí na Zemi a zjišťují, že skutečný senátor Craddock byl nalezen a pověst Avengers byla obnovena.
Nakonec je odhaleno, že tajná skupina superhrdinů Ilumináti navštívila jak říši Kree, tak říši Skrullů a poradila mimozemšťanům, že zapojení Země do jejich války nebude tolerováno.