Parte de lo que hoy es el estado de Misisipi estaba incluida en la República de Florida Occidental, que fue proclamada en 1810 por colonos estadounidenses en oposición al dominio español. Su bandera tenía un fondo azul con una sola estrella blanca en el centro. (Un diseño similar fue utilizado en la década de 1830 por los americanos independentistas de Texas). Se izó el 9 de enero de 1861, cuando Mississippi aprobó su Ordenanza de Secesión antes de unirse a los Estados Confederados de América. La bandera azul y blanca se conoció en todo el Sur como la Bonnie Blue Flag. El 26 de enero de ese mismo año, Mississippi adoptó la Bandera de la Magnolia, con el árbol autóctono sobre un campo blanco; el cantón era azul con una estrella blanca central, incorporando así el diseño del Bonnie Blue. La Bandera de la Magnolia parece no haber sido utilizada tras el final de la Guerra Civil; sin embargo, la magnolia fue designada como el árbol oficial del estado en 1938.
En 1890 se adoptó una nueva constitución estatal; fue el producto de una mayoría blanca que deseaba minimizar la influencia en los asuntos estatales de los negros locales y del gobierno federal. Como símbolo del cambio de poder, el 7 de febrero de 1894, el estado adoptó una nueva bandera que probablemente fue creada por el senador estadounidense E.N. Scudder. Sus tres franjas horizontales recordaban las Estrellas y Barras de la Confederación, mientras que la Bandera de Batalla Confederada formaba su cantón. La separación del cantón de las franjas azules y rojas por una fimbriación blanca (borde estrecho) fue confirmada por decreto gubernamental en 1996.
Bandera del estado de Mississippi, Estados Unidos, desde el 7 de febrero de 1894 hasta el 30 de junio de 2020.
Muchos habitantes de Misisipi se opusieron al diseño de 1894, alegando que recordaba la esclavitud de los negros y las tradiciones racistas; sin embargo, muchos partidarios de la bandera argumentaron que representaba el orgullo del estado y la herencia sureña. Al revisar una impugnación legal relacionada en el año 2000, el Tribunal Supremo del estado determinó que la bandera había sido omitida inadvertidamente en una revisión de los estatutos del estado en 1906; por lo tanto, la bandera había dejado de ser legal en ese momento. El 6 de mayo de 2000, el gobernador autorizó el uso del diseño como bandera provisional, y en un referéndum estatal celebrado el 17 de abril de 2001 se aprobó la bandera existente frente a una propuesta de diseño alternativo que habría omitido la Bandera de Batalla Confederada.
En 2020 las protestas a nivel nacional por la brutalidad policial contra los estadounidenses de raza negra condujeron a un examen más amplio de la injusticia racial en Estados Unidos, y se renovaron las críticas por la presencia de la Bandera de Batalla Confederada en el diseño de la bandera del estado. El 28 de junio, la legislatura de Misisipi aprobó un proyecto de ley para retirar la versión actual de la bandera y encargar el diseño de una nueva. La ley fue firmada por el gobernador del estado el 30 de junio. La ley exigía que el nuevo diseño incluyera las palabras «In God We Trust» (En Dios confiamos) y prohibía el uso de la Bandera de Batalla Confederada. El nuevo diseño que se seleccionó finalmente incorporaba una flor de magnolia central rodeada por 20 estrellas blancas, una estrella dorada y el lema «In God We Trust» (En Dios confiamos) sobre un campo de franjas verticales desiguales de color rojo, dorado y azul. Fue aprobada por el electorado de Mississippi mediante referéndum el 3 de noviembre. Un proyecto de ley para adoptar oficialmente el diseño aprobado de la bandera fue ratificado por la Cámara de Representantes del estado el 5 de enero de 2021, y por el Senado del estado el 6 de enero; fue firmado como ley por el gobernador el 11 de enero.
La magnolia en el centro de la bandera, un símbolo de Mississippi desde hace mucho tiempo, también representa la hospitalidad, la esperanza y el renacimiento. El círculo de 20 estrellas blancas refleja el rango de Mississippi como vigésimo estado admitido en los Estados Unidos de América; la estrella dorada representa a los nativos americanos que fueron los habitantes originales de la tierra que se convertiría en el estado de Mississippi. El azul utilizado en la franja vertical central recuerda al azul de la bandera estadounidense y representa la vigilancia, la justicia y la perseverancia. El rojo, utilizado en las dos franjas exteriores, es indicativo de la rusticidad y el valor. El dorado, utilizado en dos franjas finas y en el estambre de la magnolia, pretende ser un guiño a la herencia cultural de Misisipi.