Le héros kree Captain Marvel, arrivant sur Terre après un séjour prolongé dans la dimension alternative la Zone Négative, est capturé par plusieurs membres de l’équipe de super-héros les Avengers – Quicksilver, la Sorcière Scarlet et le héros androïde la Vision – avec l’aide de Rick Jones, le compagnon occasionnel de Mar-Vell (le véritable nom kree du héros), et de Mar-Vell lui-même. Il est révélé plus tard qu’il a conçu un enfant avec la princesse skrull Annelle pendant cette période. Cela est nécessaire, car Mar-Vell a absorbé par inadvertance une quantité mortelle de radiations après avoir passé des semaines dans la Zone Négative, et cela lui sera fatal s’il n’est pas traité. Avec l’aide d’un scientifique, la Vision draine l’excès de radiations de Mar-Vell.
Une séquence de flashback explique que les Avengers détectent une alarme provenant du Baxter Building, le quartier général des Quatre Fantastiques. Les Avengers arrivent au bâtiment et trouvent Mar-Vell utilisant le portail vers la Zone Négative – créé par Reed Richards – pour tenter de libérer Rick Jones de leur besoin de « partager des molécules » (alternance entre le même espace, l’un sur Terre et l’autre piégé dans la Zone Négative jusqu’à l’échange). Mar-Vell réussit, mais alors que le portail de la Zone est ouvert, les Avengers sont contraints de repousser l’entité Annihilus, qui tente de s’échapper de la Zone. Mar-Vell profite de la distraction pour voler un quinjet des Avengers, qui est retrouvé lorsque les Avengers réalisent que le héros kree a absorbé une quantité létale de radiations. Le flashback se termine et le groupe est alors attaqué par un robot Sentry, qui capture Mar-Vell et s’échappe. Les Avengers sont interrogés par l’ancienne collègue de Mar-Vell, Carol Danvers.
Les Avengers répondent à un appel de leur collègue Goliath, qui les informe qu’il répond à un appel de détresse de la vengeresse Janet Pym, également connue sous le nom de Guêpe. Avec son mari et confrère Henry Pym, le couple se dirigeait par bateau vers une base de recherche dans le cercle arctique, afin d’étudier les effets de l’exploration pétrolière sur l’environnement. Le couple a apparemment trouvé une île luxuriante, et enquête sous le nom de Wasp et Yellowjacket. Yellowjacket devine la vérité et repousse la Guêpe avant d’atteindre l’île. Lorsqu’il disparaît, la Guêpe convoque à son tour Goliath.
Les Avengers arrivent et sont attaqués une nouvelle fois par la Sentinelle, désormais aidée par un Goliath hypnotisé. Les Avengers vainquent Goliath mais ne peuvent pas arrêter la Sentinelle, qui capture tout le monde sauf Quicksilver. Le coupable se révèle être Ronan l’Accusateur, devenu un hors-la-loi Kree. Ronan lance le « Plan Atavus », qui vise à ramener la Terre à une époque préhistorique afin de l’utiliser comme base dans la guerre contre les Skrulls. Ronan montre aux héros comment les chercheurs de la base et Henry Pym se sont transformés en hommes des cavernes, qui convoitent maintenant Janet Pym. Quicksilver arrive et attaque, et Ronan met fin à la bataille lorsqu’il est contacté et informé d’une attaque imminente des Skrulls sur la planète mère des Krees, Hala. N’ayant plus de but, le Sentry s’autodétruit. Les Avengers et Mar-Vell récupèrent et constatent que Pym et les autres scientifiques, comme l’environnement, sont redevenus normaux.
L’existence de Mar-Vell est révélée lorsque les scientifiques informent les autorités de ce dont ils ont été témoins et que la « Commission des activités extraterrestres » est formée, dirigée par le sénateur H. Warren Craddock. Les Avengers acceptent de participer à une audience, mais celle-ci est abandonnée lorsque les Avengers refusent de livrer Mar-Vell. Les Avengers encouragent Mar-Vell à se rendre avec Danvers dans une ferme privée, et bien que poursuivis par Nick Fury du S.H.I.E.L.D., ils s’échappent. Les Avengers ont affaire à des membres du public frustrés, qui dressent un piquet de grève devant l’Avengers Mansion, puis forcent l’entrée pour vandaliser le bâtiment.
Les Avengers Captain America, Iron Man et Thor reviennent apparemment au Mansion et annoncent qu’en raison du comportement de l’équipe, celle-ci est désormais dissoute pour toujours. Quicksilver, la Sorcière Scarlet et la Vision décident de partir et d’aller voir Mar-Vell, mais pendant qu’ils sont là, ils sont attaqués par ce qui semble d’abord être trois vaches. Les vaches tirent des rayons d’énergie qui paralysent la Vision qui, bien que capable de devenir intangible, ne peut pas bouger. Quicksilver et Scarlet Witch sont capturés lorsque les vaches se transforment en trois membres des Quatre Fantastiques, puis révèlent qu’ils sont en fait des Skrulls, les anciens ennemis des Krees. Dans le même temps, Danvers a conduit Mar-Vell à un vaisseau Skrull qu’elle prétend avoir trouvé, et persuade Mar-Vell de construire un « Projecteur d’Ondes Omni », un appareil de communication qui, dans les mains d’un non-Kree, est une arme mortelle. Mar-Vell, cependant, voit à travers la tromperie (car aucun humain, seulement les Skrulls, ne connaissent son vrai nom) et détruit le dispositif, mais il est capturé par Danvers (maintenant révélé être en fait le Super-Skrull) et, avec Quicksilver et la Sorcière Scarlet, est emmené hors de la Terre.
Bien que blessé, la Vision est capable de retourner à Avengers Mansion, où les membres fondateurs Captain America, Iron Man, Thor et Henry Pym (maintenant dans son identité originale d’Ant-Man) se sont réunis. Ant-Man se réduit à une taille microscopique et entre dans la Vision, et est capable de réparer l’androïde. Ant-Man s’en va et, en interrogeant la Vision en train de récupérer, les Avengers déterminent que ce sont les Skrulls – précédemment déguisés en vaches – qui ont dissous l’équipe. Les quatre Avengers trouvent et capturent les Skrulls pour les interroger, et déterminent que les aliens sont en fait trois des quatre membres de l’équipe d’exploration originale qui a visité la Terre et affronté les Quatre Fantastiques. Les Avengers sont alors attaqués par une équipe de trois Mandroïdes, envoyés par le sénateur Craddock pour appréhender les héros qui n’ont pas coopéré. Iron Man (secrètement Tony Stark) a conçu les Mandroïdes et surcharge leur armure avec une décharge électrique.
Au même moment, Triton des Inhumains arrive, et ne pouvant localiser les Quatre Fantastiques, demande aux Avengers de l’aide pour localiser leur souverain Black Bolt, nécessaire car son frère Maximus le Fou a pris le pouvoir dans leur patrie Attilan. Les Vengeurs aident Triton et, après avoir localisé Black Bolt, accompagnent les Inhumains à Attilan. Il s’avère que Maximus a conclu une alliance avec les Krees et, en échange du pouvoir, utilise la technologie des Krees pour contrôler la population, dans l’intention de l’utiliser comme soldat contre les Skrulls. Les Avengers vainquent Maximus et ses sbires, et après avoir redonné du pouvoir à Black Bolt partent (avec Goliath) pour l’espace skrull, avec l’intention de sauver leurs camarades.
Mar-Vell est emmené au cœur de l’Empire skrull et, après avoir été informé que les Avengers captifs seront exécutés, est forcé de construire un autre projecteur d’ondes omnidirectionnelles. Les Avengers arrivent dans l’espace skrull et repoussent la flotte extraterrestre pendant que Mar-Vell est obligé d’utiliser le projecteur, qui renvoie Rick Jones, temporairement libéré, dans la Zone Négative. Rick Jones est sauvé de la Zone par le souverain kree, l’Intelligence Suprême, qui débloque des pouvoirs mentaux cachés (la Force Destinée) en Rick Jones lui-même. Rick envoie alors une vague de héros de l’Age d’Or avec les Avengers contre les Skrulls, mettant fin à la guerre. La Destiny Force fait également revenir le sénateur Craddock sur Terre à sa véritable forme skrull, révélant qu’il était le quatrième Skrull de l’expédition sur Terre, et il est ensuite tué par une foule en colère. Les héros retournent sur Terre pour découvrir que le véritable sénateur Craddock a été retrouvé, et que la réputation des Avengers a été restaurée.
Le groupe secret de super-héros les Illuminati est finalement révélé avoir visité à la fois les empires Kree et Skrull et conseillé aux aliens que l’implication de la Terre dans leur guerre ne serait pas tolérée.