A mai Mississippi állam egy része a Nyugat-Floridai Köztársasághoz tartozott, amelyet 1810-ben amerikai telepesek hirdettek ki a spanyol uralom ellenében. Zászlójuk kék alapon egyetlen fehér csillaggal a közepén. (Hasonló mintát használtak az 1830-as években a függetlenségpárti amerikaiak Texasban). A zászlót 1861. január 9-én tűzték ki, amikor Mississippi elfogadta az Amerikai Konföderációs Államokhoz való csatlakozása előtti elszakadási rendeletét. A kék-fehér zászló az egész délen Bonnie Blue Flag néven vált ismertté. Ugyanebben az évben január 26-án Mississippi elfogadta a Magnolia zászlót, amely fehér mezőben az őshonos fát ábrázolta; a kanton kék volt, középen fehér csillaggal, így a Bonnie Blue mintát is magába foglalta. Úgy tűnik, hogy a Magnólia zászlót a polgárháború befejezése után nem használták; a magnóliát azonban 1938-ban hivatalos állami fává nyilvánították.
Az új állami alkotmányt 1890-ben fogadták el; ez a fehér többség terméke volt, amely minimalizálni kívánta a helyi feketék és a szövetségi kormány befolyását az állami ügyekben. A hatalomváltás jelképeként 1894. február 7-én az állam új zászlót fogadott el, amelyet valószínűleg E. N. Scudder amerikai szenátor készített. Három vízszintes csíkja a Konföderáció csillagaira és sávjaira emlékeztetett, míg kantonját a konföderációs harci zászló alkotta. A kanton elválasztását a kék és vörös csíktól egy fehér fimbrióval (keskeny szegély) 1996-ban kormányzói rendelettel erősítették meg.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Néhány mississippi lakos ellenezte az 1894-es designt, arra hivatkozva, hogy az a fekete rabszolgaságra és rasszista hagyományokra emlékeztet; ugyanakkor a zászló számos támogatója azzal érvelt, hogy az állami büszkeséget és a déli örökséget képviseli. Egy ezzel kapcsolatos, 2000-ben indított jogorvoslati eljárás felülvizsgálata során az állam legfelsőbb bírósága megállapította, hogy a zászlót véletlenül kihagyták az állam statútumának 1906-os felülvizsgálatából; ezért a zászló akkoriban már nem volt legális. 2000. május 6-án a kormányzó engedélyezte a tervezet ideiglenes zászlóként való használatát, és a 2001. április 17-én tartott állami népszavazás a meglévő zászlót hagyta jóvá a javasolt alternatív tervezettel szemben, amely kihagyta volna a konföderációs csatazászlót.
2020-ban a fekete amerikaiakkal szembeni rendőri brutalitás miatti országos tiltakozások az Egyesült Államokban tapasztalható faji igazságtalanság szélesebb körű vizsgálatához vezettek, és újból kritika érte a konföderációs csatazászló jelenlétét az állami zászlótervben. Június 28-án Mississippi törvényhozása elfogadta a zászló jelenlegi változatának visszavonásáról és egy új zászló megtervezésének megrendeléséről szóló törvényjavaslatot. A törvényjavaslatot az állam kormányzója június 30-án írta alá. A törvény előírta, hogy az új zászlótervnek tartalmaznia kell az “In God We Trust” (Istenben bízunk) feliratot, és megtiltotta a konföderációs harci zászló használatát. A végül kiválasztott új tervezet egy központi magnóliavirágot tartalmazott, amelyet 20 fehér csillag, egy aranycsillag és az “In God We Trust” (Istenben bízunk) jelmondat vett körül, a vörös, arany és kék színű, egyenlőtlen függőleges csíkokból álló mezőben. A Mississippi választópolgárai november 3-án népszavazáson hagyták jóvá. A jóváhagyott zászlóterv hivatalos elfogadásáról szóló törvényjavaslatot az állam képviselőháza 2021. január 5-én, az állam szenátusa pedig január 6-án ratifikálta; a kormányzó január 11-én írta alá a törvényt.
A zászló közepén található magnólia, amely régóta Mississippi egyik szimbóluma, a vendégszeretetet, a reményt és az újjászületést is jelképezi. A 20 fehér csillagból álló kör Mississippinek az Amerikai Egyesült Államokba felvett 20. államként betöltött rangját tükrözi; az aranycsillag az amerikai őslakosokat jelképezi, akik a Mississippi állammá váló földterület eredeti lakói voltak. A középső függőleges csíkban használt kék szín az amerikai zászló kék színére emlékeztet, és az éberséget, az igazságosságot és a kitartást jelképezi. A két szélső csíkban használt vörös szín a szívósságot és a bátorságot jelképezi. A két vékony csíkban és a magnólia porzójában használt arany Mississippi kulturális örökségére utal.