Een groot deel van het rif wordt beschermd door het Belize Barrier Reef Reserve System, dat zeven zeereservaten, 450 kayes en drie atollen omvat. Het is in totaal 960 vierkante kilometer groot, waaronder:
- Glover’s Reef Marine Reserve
- Great Blue Hole
- South Water Caye Marine Reserve
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan Marine Reserve
- Kayes zijn o.a.: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye, en Sandbore Caye.
In 1996 werd het reservaatsysteem aangewezen als Werelderfgoed vanwege zijn kwetsbaarheid en het feit dat het de belangrijkste en meest significante natuurlijke habitats bevat voor in-situ behoud van biologische diversiteit (volgens criteria VII, IX, en X).
Belize werd het eerste land ter wereld dat bodemsleepnetvisserij volledig verbood in december 2010. In december 2015 verbood Belize offshore olieboringen binnen 1 km van het Barrièrerif.
Ondanks deze beschermende maatregelen wordt het rif nog steeds bedreigd door oceaanvervuiling en door ongecontroleerd toerisme, scheepvaart en visserij. Andere bedreigingen zijn orkanen, samen met de opwarming van de aarde en de daaruit voortvloeiende stijging van de oceaantemperaturen, die verbleking van het koraal veroorzaakt. Wetenschappers beweren dat meer dan 40% van het koraalrif van Belize is beschadigd sinds 1998.
Het Belize Barrier Reef is getroffen door massale verbleking gebeurtenissen. De eerste massale verbleking vond plaats in 1995, met een geschatte sterfte van 10 procent van de koraalkolonies, volgens een rapport van het Coastal Zone Management Institute in Belize. Een tweede massale verbleking vond plaats toen orkaan Mitch toesloeg in 1998. Biologen constateerden een vermindering van de koraalbedekking met 48 procent in het hele rifsysteem van Belize.
Normaal gesproken is het moeilijk te onderscheiden of de oorzaak van het verbleken van koralen ligt in menselijke activiteiten of in natuurlijke oorzaken, zoals stormen of bacteriële schommelingen. Maar in het geval van het Belize Barrier Reef zijn veel factoren die het onderscheid moeilijk maken, niet van toepassing. De menselijke bevolking in dit gebied is veel dunner dan de overeenkomstige gebieden bij andere koraalriffen, dus de menselijke activiteit en vervuiling zijn veel lager in vergelijking met andere koraalriffen en het Belize rif systeem is in een veel meer ingesloten gebied.
Wanneer koraalverbleking optreedt, sterft een groot deel van het koraal, en het resterende deel van het ecosysteem begint het proces van herstel van de schade. Maar de kans op herstel is klein, omdat koralen die verbleken veel kwetsbaarder worden voor ziekten. Ziekten doden vaak meer koralen dan de verbleking zelf. Bij voortdurende verbleking zal het koraalrif weinig of geen kans op herstel hebben.