Kolegium ma swoje początki w prośbie skierowanej do American Baptist Home Mission Society przez profesora Almona C. Bacone, nauczyciela misyjnego, o założenie szkoły w Cherokee Baptist Mission w Tahlequah, Terytorium Indiańskie. Bacone wcześniej uczył w Cherokee Seminarium Męskie ustanowione w Indian Territory.
Zgodnie z pisarzem John Bartlett Meserve, Bacone College miał swoje początki w szkole Misji Baptystów w Valley Town w Północnej Karolinie. Szkoła ta stała się znana dzięki pracy Evana Jonesa, jednego z najwcześniejszych misjonarzy wśród Czirokezów. Po tym jak większość Czirokezów została przeniesiona na Terytorium Indiańskie, szkoła w Valley Town przeniosła się do miejsca, które rozwinęło się jako obecne miasto Westville. W 1867 roku, syn Evana Jonesa, John B. Jones, przeniósł szkołę do Talequah. Szkoła misji przeniósł się do Muskogee w 1885 roku i zmienił nazwę na Bacone.
Kiedy rozpoczął Bacone College, profesor Bacone, jedyny wydział, zapisał trzech studentów. Do końca pierwszego semestru, nie było 12. Pod koniec pierwszego roku, populacja studentów była 56 i wydziału numered trzy.
Widząc potrzebę ekspansji, odwołał się do Muscogee Creek Nation Rady Tribal dla 160 akrów (0.65 km2) ziemi w pobliskim Muskogee, znany wtedy jako „Indian Capital of the World”. Ziemia została przyznana, a w 1885 roku Uniwersytet Indiański został przeniesiony na swoje obecne miejsce. W 1910 roku, to został przemianowany Bacone Indian University po jego założyciela i pierwszego prezydenta. Rada Powiernicza później zmieniła nazwę na obecną Bacone College, ponieważ kładzie nacisk na edukację licencjacką.
Kampus zawiera wiele przypomnień o historii Bacone, tradycji i celach. Jednym z nich jest mały cmentarz, gdzie Bacone prezydentów Almon C. Bacone (1880-1896) i Benjamin D. Weeks (1918-1941) zostały pochowane, jak również innych związanych ze szkołą na przestrzeni lat. Po zachodniej stronie kampusu znajduje się kamienna ambona oznaczająca miejsce, w którym Bacone, Joseph Samuel Murrow i Daniel Rogers, dwaj misjonarze baptystyczni, którzy byli również powiernikami Indian University, uklękli w modlitwie, aby poświęcić ziemię otrzymaną od Creek do chrześcijańskiej edukacji Indian American.
Wiosną 2018 roku college doświadczył poważnego stresu finansowego, zwalniając większość pracowników po rozpoczęciu i publicznie informując, że college potrzebuje 2 milionów dolarów, aby zakończyć rok akademicki 2018-2019 i otworzyć jesienią 2019 roku. Jednak szkoła otworzyła się ponownie po cięciu programów, zmniejszeniu liczby wydziałów i sprzedaży nieruchomości. Kolegium opracowało plan utworzenia konsorcjum plemion Oklahomy, aby powrócić do swoich korzeni jako college plemienny, który zarówno dałby rządom plemiennym własność w edukacji swoich studentów, jak i zapewnił stabilne finansowanie od rządu federalnego w wypełnianiu jego obowiązków powierniczych w zakresie edukacji studentów Indian amerykańskich. United Keetoowah Band of Cherokee Indians w Oklahomie zatwierdził umowę czarterową w kwietniu 2019 roku, a w lipcu 2019 roku Osage Nation ogłosił, że wyczarteruje szkołę jako plemienny college. Szkoła otrzymała swoją trzecią kartę w sierpniu 2019 roku od Otoe-Missouria Tribe of Indians, czwartą We wrześniu 2019 roku od Cheyenne i Arapaho Tribes, a piątą w lutym 2020 roku od Kiowa Tribe. (Plemię Muscogee (Creek) Nation, podczas gdy pierwotnie czarterowało szkołę pod koniec XIX wieku, nie zrobiło tego tym razem, ponieważ plemię niedawno wyczarterowało swój własny oddzielny college, College of the Muscogee Nation.)