Uważany za najlepszego prospekta w drafcie 2016 Major League Baseball, Biggio został wybrany w piątej rundzie przez Toronto Blue Jays. Biggio podpisał z Blue Jays za pełną premię za slot draftu w wysokości 300 000 USD w dniu 17 czerwca i został przydzielony do Vancouver Canadians z Class A-Short Season Northwest League. W dniu 26 lipca Biggio został uznany za All-Star dla Vancouver. Sezon 2016 zakończył w Lansing Lugnuts z Class A Midwest League. W 62 meczach Biggio wykręcił .273 z 26 RBI i 11 kradzionymi bazami. Wykazał się również ponadprzeciętną dyscypliną na boisku, chodząc 33 razy i uderzając 35 razy. Cały sezon 2017 rozegrał w drużynie Dunedin Blue Jays w Class A-Advanced Florida State League. Grając obok najlepszych prospektów Blue Jays Vladimira Guerrero Jr. i Bo Bichette, Biggio pokonał .233 z 11 home runami, 60 RBI i 11 skradzionymi bazami.
The Blue Jays przypisał Biggio do New Hampshire Fisher Cats z Double-A Eastern League, aby rozpocząć sezon 2018. 1 września Biggio został uznany za Rookie of the Eastern League’s Rookie of the Year i Most Valuable Player. Biggio rozpoczął sezon 2019 z Buffalo Bisons z Triple-A International League. Przez pierwsze 42 mecze z Bisons, uderzył .307 z sześcioma home runami.
24 maja 2019 roku, Biggio został wezwany do Toronto Blue Jays. Zadebiutował w głównej lidze tej nocy przeciwko San Diego Padres. Dwa dni później, 26 maja, uzyskał swój pierwszy hit w lidze głównej. W jego następnym at bat, że gra, uderzył jego pierwszy home run. 17 września Biggio zaliczył cykl trafień przeciwko Baltimore Orioles w Oriole Park at Camden Yards, stając się trzecim graczem w historii Blue Jays, który dokonał tego wyczynu, po Jeffie Frye w 2001 roku i Kelly Gruber w 1989 roku. Biggio miał cztery RBI, zdobył trzy biegi i ukradł dwie bazy w tym meczu. Cavan, wraz ze swoim ojcem, Craigiem (który 8 kwietnia 2002 roku trafił do cyklu dla Houston Astros), dołączył do Gary’ego Warda i jego syna Daryle’a jako tylko drugi duet ojca i syna, który trafił do cyklu w historii MLB. W sezonie, Biggio uderzył .234 w 100 meczach.
Ogółem w 2020 roku w Blue Jays, Biggio uderzył .250 z ośmioma home runami i 28 RBI w 59 meczach.
.