Uma grande parte do recife é protegida pelo Sistema de Reserva da Barreira de Corais de Belize, que inclui sete reservas marinhas, 450 cayes, e três atóis. Ele totaliza 960 km quadrados de área, incluindo:
- Reef Marine Reserve
- Great Blue Hole
- South Water Caye Marine Reserve
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan Marine Reserve
- Cayes include: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye, e Sandbore Caye.
Glover’s Reef Marine Reserve
Em 1996 o sistema de reservas foi designado Património Mundial devido à sua vulnerabilidade e ao facto de conter os habitats naturais mais importantes e significativos para a conservação in-situ da diversidade biológica (de acordo com os critérios VII, IX, e X).
Belize tornou-se o primeiro país do mundo a proibir completamente o arrasto pelo fundo em Dezembro de 2010. Em Dezembro de 2015, Belize proibiu a perfuração de petróleo offshore num raio de 1 km da Barreira de Corais.
Apesar destas medidas de protecção, o recife permanece sob ameaça de poluição oceânica, bem como de turismo, navegação e pesca descontrolados. Outras ameaças incluem furacões, juntamente com o aquecimento global e o consequente aumento da temperatura dos oceanos, o que causa o branqueamento do coral. Os cientistas afirmam que mais de 40% do recife de coral de Belize foi danificado desde 1998.
A Barreira de Coral de Belize tem sido afetada por eventos de branqueamento em massa. O primeiro branqueamento em massa ocorreu em 1995, com uma mortalidade estimada em 10% das colônias de coral, de acordo com um relatório do Coastal Zone Management Institute em Belize. Um segundo evento de branqueamento em massa ocorreu, quando o furacão Mitch atingiu em 1998. Biólogos observaram uma redução de 48% na cobertura de corais vivos em todo o sistema de recifes de Belize.
Usualmente, é difícil distinguir se a razão para o branqueamento dos corais são as atividades humanas ou razões naturais, como tempestades ou flutuações bacterianas. Mas no caso da Barreira de Coral de Belize, muitos fatores que tornam a distinção difícil não se aplicam. A população humana nesta área é muito mais esparsa do que as áreas correspondentes perto de outros recifes de coral, portanto a atividade humana e a poluição são muito menores em comparação com outros recifes de coral e o sistema de recifes de Belize está em uma área muito mais fechada.
Quando ocorre o branqueamento de coral, uma grande parte do coral morre e a parte restante do ecossistema começa o processo de reparação dos danos. Mas as chances de recuperação são baixas, pois os corais que são descolorados tornam-se muito mais vulneráveis a doenças. A doença frequentemente mata mais corais do que o próprio evento de branqueamento. Com o branqueamento contínuo, o recife de coral terá pouca ou nenhuma chance de recuperação.