Colegiul își are originile în urma unei cereri adresate Societății Baptiste Americane de Misiune Acasă de către profesorul Almon C. Bacone, un profesor misionar, pentru a începe o școală în Misiunea Baptistă Cherokee din Tahlequah, Teritoriul Indian. Bacone predase anterior la Cherokee Male Seminary înființat în Teritoriul Indian.
Potrivit scriitorului John Bartlett Meserve, Bacone College își are originile într-o școală a Misiunii Baptiste din Valley Town, în Carolina de Nord. Acea școală a devenit cunoscută datorită activității lui Evan Jones, unul dintre primii misionari la Cherokee. După ce cei mai mulți dintre Cherokee au fost mutați în Teritoriul Indian, școala din Valley Town s-a mutat pe un amplasament din apropierea a ceea ce s-a dezvoltat ca actualul oraș Westville. În 1867, fiul lui Evan Jones, John B. Jones, a mutat școala în Talequah. Școala misiunii s-a mutat la Muskogee în 1885 și și-a schimbat numele în Bacone.
Când a înființat Bacone College, profesorul Bacone, singurul cadru didactic, a înscris trei studenți. La sfârșitul primului semestru, erau 12. La sfârșitul primului an, populația studențească era de 56 de studenți, iar cadrele didactice erau în număr de trei.
Văzând nevoia de a se extinde, a apelat la Consiliul Tribal al Națiunii Muscogee Creek pentru 160 de acri (0,65 km2) de teren în apropiere de Muskogee, cunoscută pe atunci ca „Capitala indiană a lumii”. Terenul a fost acordat, iar în 1885 Universitatea indiană a fost mutată pe actualul său amplasament. În 1910, a fost redenumită Bacone Indian University, după numele fondatorului și primului său președinte. Consiliul de Administrație a schimbat ulterior numele în actualul Bacone College, deoarece pune accentul pe învățământul universitar.
Campusul conține multe reamintiri ale istoriei, tradiției și obiectivelor Bacone. Unul dintre acestea este un mic cimitir, unde au fost înmormântați președinții Bacone, Almon C. Bacone (1880-1896) și Benjamin D. Weeks (1918-1941), precum și alte persoane asociate cu școala de-a lungul anilor. În partea de vest a campusului se află un amvon de piatră care marchează locul în care Bacone, Joseph Samuel Murrow și Daniel Rogers, doi misionari baptiști care au fost, de asemenea, administratori ai Universității indiene, au îngenuncheat în rugăciune pentru a dedica terenul primit de la Creek educației creștine a indienilor americani.
În primăvara anului 2018, colegiul s-a confruntat cu un stres financiar sever, concediind majoritatea angajaților după începerea cursurilor și raportând public faptul că colegiul avea nevoie de 2 milioane de dolari pentru a finaliza anul universitar 2018-2019 și a se deschide în toamna anului 2019. Cu toate acestea, școala s-a redeschis după ce a tăiat programe, a redus personalul didactic și a vândut proprietăți. Colegiul a elaborat un plan de formare a unui consorțiu de triburi din Oklahoma pentru a face tranziția înapoi la rădăcinile sale ca colegiu tribal, ceea ce ar oferi atât dreptul de proprietate al guvernelor tribale în educația studenților lor, cât și o finanțare stabilă din partea guvernului federal în îndeplinirea responsabilităților sale de încredere pentru educarea studenților amerindieni americani. United Keetoowah Band of Cherokee Indians din Oklahoma a aprobat un acord de înființare în aprilie 2019, iar în iulie 2019, Națiunea Osage a anunțat că va înființa școala ca un colegiu tribal. Școala a obținut cea de-a treia cartă în august 2019 de la Tribul indienilor Otoe-Missouria, cea de-a patra În septembrie 2019 de la Triburile Cheyenne și Arapaho, iar cea de-a cincea în februarie 2020 de la Tribul Kiowa. (Națiunea Muscogee (Creek), deși a acordat inițial o cartă școlii la sfârșitul secolului al XIX-lea, nu a făcut acest lucru de această dată, deoarece tribul a acordat recent o cartă propriului său colegiu separat, Colegiul Națiunii Muscogee.)
.