O mare parte a recifului este protejată de Sistemul de rezervații al barierei de corali din Belize, care include șapte rezervații marine, 450 de insule Cayes și trei atoli. Acesta are o suprafață totală de 960 de kilometri pătrați (370 de mile pătrate), incluzând:
- Rezervă marină Glover’s Reef
- Great Blue Hole
- Rezervă marină South Water Caye
- Monument natural Half Moon Caye
- Rezervă marină Hol Chan
- Caies include: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye și Sandbore Caye.
În 1996, sistemul de rezervații a fost desemnat ca sit al Patrimoniului Mondial datorită vulnerabilității sale și faptului că conține cele mai importante și semnificative habitate naturale pentru conservarea in situ a diversității biologice (în conformitate cu criteriile VII, IX și X).
Belize a devenit prima țară din lume care a interzis complet pescuitul cu traule de fund în decembrie 2010. În decembrie 2015, Belize a interzis forajul petrolier offshore la mai puțin de 1 km de Bariera de Corali.
În ciuda acestor măsuri de protecție, reciful rămâne amenințat de poluarea oceanică, precum și de turismul, transportul maritim și pescuitul necontrolat. Alte amenințări includ uraganele, împreună cu încălzirea globală și creșterea rezultată a temperaturii oceanelor, care provoacă albirea coralilor. Oamenii de știință susțin că peste 40% din reciful de corali din Belize a fost deteriorat începând cu 1998.
Barierele de corali din Belize au fost afectate de evenimente de albire în masă. Prima albire în masă a avut loc în 1995, cu o mortalitate estimată la 10% din coloniile de corali, potrivit unui raport al Institutului de gestionare a zonelor de coastă din Belize. Un al doilea episod de albire în masă a avut loc atunci când uraganul Mitch a lovit în 1998. Biologii au observat o reducere de 48 la sută a acoperirii de corali vii în întregul sistem de recif din Belize.
De obicei, este greu de distins dacă motivul pentru albirea coralilor este reprezentat de activitățile umane sau de motive naturale, cum ar fi furtunile sau fluctuațiile bacteriene. Însă, în cazul barierei de corali din Belize, mulți factori care fac dificilă această distincție nu se aplică. Populația umană din această zonă este mult mai rară decât în zonele corespunzătoare din apropierea altor recife de corali, astfel încât activitatea umană și poluarea sunt mult mai reduse în comparație cu alte recife de corali, iar sistemul de recif din Belize se află într-o zonă mult mai închisă.
Când are loc albirea coralilor, o mare parte a coralilor moare, iar partea rămasă a ecosistemului începe procesul de reparare a daunelor. Însă șansele de refacere sunt reduse, deoarece coralii care sunt albiți devin mult mai vulnerabili la boli. Boala ucide adesea mai mulți corali decât evenimentul de albire în sine. Cu o albire continuă, reciful de corali va avea șanse mici sau deloc de recuperare.
.