Bien que l’origine de cette boisson soit inconnue, un récit dit qu’elle est apparue vers 1918 dans la région de l’Alentejo au Portugal, avec une recette populaire à base de citron, d’ail et de miel, indiquée pour les patients atteints de la grippe espagnole. Selon un autre récit, la Caipirinha est basée sur la Poncha, une boisson alcoolisée de Madère, au Portugal. L’ingrédient principal est l’aguardente de cana, qui est fabriqué à partir de la canne à sucre. La production de canne à sucre a été transférée de Madère au Brésil par les Portugais, car ils avaient besoin de plus de terres pour la planter. Avant cela, les habitants de Madère avaient déjà créé l’aguardente de cana, qui était l’ancêtre de la cachaça.
Aujourd’hui, elle est encore utilisée comme tonique pour le rhume. Communément, les praticiens ajoutent quelques alcools distillés aux remèdes maison pour accélérer l’effet thérapeutique. L’aguardiente était couramment utilisée. « Jusqu’au jour où quelqu’un a décidé d’enlever l’ail et le miel. Puis on a ajouté quelques cuillères à soupe de sucre pour réduire l’acidité du citron vert. La glace est venue ensuite, pour éloigner la chaleur », explique Carlos Lima, directeur exécutif de l’IBRAC (Institut brésilien de la Cachaça).
Selon les historiens, la caipirinha a été inventée par les agriculteurs propriétaires terriens de la région de Piracicaba, à l’intérieur de l’État de São Paulo, au cours du XIXe siècle, comme une boisson locale pour les événements et les fêtes de « haut niveau », reflet de la forte culture de la canne à sucre dans la région.
La caipirinha est le cocktail national le plus fort du Brésil, et est imbibée dans les restaurants, les bars et de nombreux foyers à travers le pays. Autrefois presque inconnue en dehors du Brésil, la boisson est devenue plus populaire et plus largement disponible ces dernières années, en grande partie en raison de la disponibilité croissante de marques de cachaça de premier ordre en dehors du Brésil. L’Association internationale des barmen l’a désigné comme l’un de ses cocktails officiels, en tant que classique contemporain.