Une grande partie du récif est protégée par le système de réserves du récif de la barrière du Belize, qui comprend sept réserves marines, 450 cayes et trois atolls. Il totalise une superficie de 960 kilomètres carrés (370 mi2), dont :
- Réserve marine de Glover’s Reef
- Great Blue Hole
- Réserve marine de South Water Caye
- Monument naturel de Half Moon Caye
- Réserve marine de Hol Chan
- Les cayes comprennent : Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye et Sandbore Caye.
En 1996, le système de réserve a été désigné site du patrimoine mondial en raison de sa vulnérabilité et du fait qu’il contient les habitats naturels les plus importants et significatifs pour la conservation in situ de la diversité biologique (selon les critères VII, IX et X).
Le Belize est devenu le premier pays au monde à interdire complètement le chalutage de fond en décembre 2010. En décembre 2015, le Belize a interdit les forages pétroliers offshore à moins d’un kilomètre du récif de la barrière.
Malgré ces mesures de protection, le récif reste menacé par la pollution océanique ainsi que par le tourisme, la navigation et la pêche incontrôlés. Parmi les autres menaces, citons les ouragans, ainsi que le réchauffement climatique et l’augmentation de la température des océans qui en résulte et qui provoque le blanchiment des coraux. Les scientifiques affirment que plus de 40 % du récif corallien du Belize a été endommagé depuis 1998.
Le récif de la barrière du Belize a été affecté par des événements de blanchiment de masse. Le premier blanchiment de masse s’est produit en 1995, avec une mortalité estimée à 10 % des colonies coralliennes, selon un rapport de l’Institut de gestion des zones côtières du Belize. Un deuxième épisode de blanchiment massif s’est produit lors du passage de l’ouragan Mitch en 1998. Les biologistes ont observé une réduction de 48 pour cent de la couverture de coraux vivants dans tout le système récifal du Belize.
En général, il est difficile de distinguer si la raison du blanchiment des coraux est due aux activités humaines ou à des raisons naturelles telles que les tempêtes ou les fluctuations bactériennes. Mais dans le cas du récif de la barrière de Belize, de nombreux facteurs qui rendent cette distinction difficile ne s’appliquent pas. La population humaine dans cette zone est beaucoup plus clairsemée que les zones correspondantes près d’autres récifs coralliens, donc l’activité humaine et la pollution sont beaucoup plus faibles par rapport à d’autres récifs coralliens et le système récifal du Belize se trouve dans une zone beaucoup plus fermée.
Lorsque le blanchiment des coraux se produit, une grande partie du corail meurt, et la partie restante de l’écosystème commence le processus de réparation des dommages. Mais les chances de récupération sont faibles, car les coraux blanchis deviennent beaucoup plus vulnérables aux maladies. Les maladies tuent souvent plus de coraux que le blanchiment lui-même. Avec un blanchiment continu, le récif corallien aura peu ou pas de chances de se rétablir.