A zátony nagy részét a Belize-korallzátony rezervátumrendszer védi, amely hét tengeri rezervátumot, 450 kaját és három atollt foglal magában. Területe összesen 960 négyzetkilométer, beleértve:
- Glover’s Reef Tengeri Rezervátum
- Great Blue Hole
- South Water Caye Tengeri Rezervátum
- Half Moon Caye Természeti Emlékhely
- Hol Chan Tengeri Rezervátum
- A kajakok közé tartoznak: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, St. George’s Caye, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye és Sandbore Caye.
A rezervátumrendszert 1996-ban a Világörökség részévé nyilvánították sérülékenysége és az a tény miatt, hogy a biológiai sokféleség in situ megőrzése szempontjából a legfontosabb és legjelentősebb természetes élőhelyeket tartalmazza (a VII., IX. és X. kritérium szerint).
Belize lett a világ első országa, amely 2010 decemberében teljesen betiltotta a fenékvonóhálós halászatot. Belize 2015 decemberében betiltotta a tengeri olajfúrást a Korallzátony 1 km-es körzetében.
A védelmi intézkedések ellenére a zátonyt továbbra is veszélyezteti az óceáni szennyezés, valamint az ellenőrizetlen turizmus, hajózás és halászat. További veszélyek közé tartoznak a hurrikánok, valamint a globális felmelegedés és az óceánok hőmérsékletének ebből eredő emelkedése, ami korallfehéredést okoz. A tudósok állítása szerint Belize korallzátonyának több mint 40%-a károsodott 1998 óta.
A belize-i korallzátonyt tömeges kifehéredési események sújtották. Az első tömeges kifehéredés 1995-ben következett be, és a belize-i Parti Zóna Kezelési Intézet jelentése szerint a koralltelepek 10 százalékának pusztulását okozta. A második tömeges kifehéredés 1998-ban következett be, amikor a Mitch hurrikán lecsapott. A biológusok a belize-i zátonyrendszerben az élő korallok fedettségének 48 százalékos csökkenését figyelték meg.
Általában nehéz megkülönböztetni, hogy a korallfehéredés oka emberi tevékenység vagy természetes okok, például viharok vagy bakteriális ingadozások. A Belize-i korallzátony esetében azonban számos olyan tényező, amely megnehezíti a megkülönböztetést, nem érvényesül. Az emberi népesség ezen a területen sokkal ritkább, mint más korallzátonyok közelében lévő megfelelő területeken, így az emberi tevékenység és a szennyezés sokkal kisebb más korallzátonyokhoz képest, és a belize-i zátonyrendszer sokkal zártabb területen található.
A korallfehéredéskor a korallok nagy része elpusztul, és az ökoszisztéma fennmaradó része megkezdi a kár helyreállítását. A helyreállítás esélye azonban csekély, mivel a kifehéredett korallok sokkal sebezhetőbbé válnak a betegségekkel szemben. A betegség gyakran több korallt pusztít el, mint maga a kifehéredés. Folyamatos kifehéredés esetén a korallzátonyoknak alig vagy egyáltalán nincs esélyük a helyreállásra.