A szoftver lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy 3D modelleket importáljanak egy virtuális térbe, amelyeket ennek megfelelően mozgathatnak és animálhatnak. A 3D-s figurák pozíciója könnyen módosítható, az arckifejezések megváltoztathatók (amennyiben a modell rendelkezik használható morfokkal), és mozgásadatokat lehet alkalmazni a modellre, hogy az mozogjon. A modellek ezen funkciói mellett kiegészítők, színpadok és hátterek adhatók hozzá a környezet létrehozásához, és olyan effektek alkalmazhatók, mint a lencsevilágítás és az AutoLuminous (egy olyan effekt, amely a dolgokat izzóvá és világítóvá teszi), amennyiben a MikuMikuEffect (MME) plugin telepítve van a felületre. Hang és zene is hozzáadható, hogy zenei videókat, kisfilmeket és rajongók által készített történeteket lehessen készíteni. A karakterek animálásához használt mozgásadatok és a főként képernyőképek készítéséhez használt pózadatok .vmd (Vocaloid Motion Data), illetve .vpd (Vocaloid Pose Data) fájlként exportálhatók. Az exportált fájlok ezután importálhatók más, a fájltípusokat használni képes szoftverekkel készített projektekbe. Ez lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy megosszák az adatokat más felhasználókkal. A szoftver a Bullet fizikai motort is használja. A felhasználók a Microsoft Kinectet is használhatják a mozgásrögzítéshez. Térképárnyékolás, képernyőképek renderelése több képfájlformátumban és teljes film renderelése .avi fájlformátumban szintén lehetséges.
A letöltéskor a szoftverhez mellékelt néhány modell, színpad, mozgásadat és kiegészítő kivételével minden tartalom, beleértve a 3D modelleket is, a felhasználók által terjesztett, vagyis minden szabály és korlátozás (vagy azok hiánya) esetről esetre nagyban változik. A legtöbb modell szabályai megtalálhatók a Readme fájlban, amely lehet .txt, pdf vagy weblap fájl. A készítő, HiguchiM, kijelentette, hogy nem tud ígéretet tenni arra vonatkozóan, hogy más felhasználók rajongói modelljei hogyan használhatók vagy nem használhatók, és mentesül minden felelősség alól ezzel kapcsolatban. A más felhasználók által készített modellek gyakran nyilvánosan letölthetők. Mivel a MikuMikuDance kizárólag egy pózoló és animációs szoftver, a modellezők 3D modellező szoftvereket használnak, mint például a Blender vagy a Metasequoia, a modell és az UV térkép elkészítéséhez, míg az MMD platformra való átalakítás nagy része (mint például az arc morfok, csontok és fizikai testek) egy kizárólag MMD modell átalakításra készült programmal, a PMD Editorral vagy annak utódjával, a PMX editorral történik.
Maga a szoftverhez tartozik egy kis számú modell a jól ismert Vocaloidokról és egy láthatatlan rácsról, amelyekhez az MME-ben részecskeeffektek csatolhatók, egy színpad, néhány kiegészítő, és két minta arról, hogy mit tud az MMD, .pmm fájlok formájában; ez az a fájltípus, amiként az MMD projektek mentésre kerülnek. A szoftver eredetileg csak japán nyelven jelent meg; később azonban megjelent egy angol nyelvű változat is. A szoftvert használó videók rendszeresen láthatók olyan oldalakon, mint a Nico Nico Douga és a YouTube, és népszerűek a Vocaloid rajongók és felhasználók körében egyaránt. A népszerűségnek köszönhetően egy magazin is készült, amely minden számmal exkluzív modelleket osztogat. A Vocaloid egyes modelljei a Vocaloid zenékhez is felhasználhatók, és a Vocaloid szoftverrel dolgozó stúdiók is tovább használják őket.
Nagyon sokan vásárolnak Windows 100% magazinokat is, amelyek exkluzív modelleket adnak. Ezek havonta egyszer jelennek meg, és a népszerűség miatt a modellkészítők titkos modelleket adnak ki, valamint olyan modelleket, amelyekért az emberek fizettek. Ezek többsége általában Vocaloid vagy olyan modellek, amelyeknek nincs konkrét szerzői jogtulajdonosa.
2011. május 26-án véget ért a szoftver folyamatos frissítése, és megjelent az utolsó verzió. A készítő egy zárónyilatkozatban a rajongók kezében hagyta a szoftvert, hogy tovább építsék. Ennek ellenére a forráskódot nem adták ki, és a fejlesztőnek nem is áll szándékában ezt megtenni, így az emberek számára lehetetlenné vált, hogy tovább építsenek az eredeti szoftverre. Vannak azonban alternatív programok, amelyek hasonló funkciókat biztosítanak, például a MikuMikuMoving (az MMD “utódja”, amelyet gyakran frissítenek, és amely az MMD számos funkciójával, valamint a programra jellemző új fájlformátumokkal, az Oculus Rift fejre szerelt kijelző támogatásával és többek között egy új felhasználói felülettel rendelkezik), valamint az ingyenes szoftver, a Blender.
Az MMD 7.39-es verziójához azóta több kiegészítés is érkezett, elsősorban az x64-es verzió, amely jobban fut, mint a normál verzió, és a 64 bites számítógépek erejét hivatott kihasználni, ami a 32 bites számítógépekből hiányzik. Ez többek között jobb teljesítményt, gyorsabb renderelési időt és jobb minőséget eredményez. 2013. június 1-jén azonban a MikuMikuDance készítője nagyon hirtelen kezdett frissítéseket kiadni a programhoz. Miután újra elkezdte kiadni a frissítéseket, már 20 új verzió és a 64 bites változatok is megjelentek. Június 1-je előtt a legutolsó verzió a 7.39-es volt, amely 2011. május 26-án jelent meg. MMD ver. 7.39 számos programfrissítést kapott a kezdeti kiadása és a ver. 7.39m kiadása között. A legtöbb ilyen frissítés csak az újabb, fejlettebb .pmx modellekkel való kompatibilitás növelése érdekében készült. Nem tudni, hogy a készítő miért kezdte újra szerkeszteni a szoftvert. 2019. december 10-én jelent meg a 9.32-es verzió, amely a legfrissebb verzió.
2014 decemberében a Sekai Project bejelentette, hogy engedélyt szerzett a MikuMikuDance Steam-en való kiadására. Azonban 2020 decemberéig nem jelent meg.
Az első anime tévésorozat, amelyet teljes egészében a szoftverrel készítettek, a Straight Title Robot Anime 2013. február 5-én mutatkozott be.