Il college trae le sue origini da una richiesta alla American Baptist Home Mission Society del professor Almon C. Bacone, un insegnante missionario, di iniziare una scuola nella Missione Battista Cherokee a Tahlequah, nel Territorio Indiano. Bacone aveva precedentemente insegnato al Seminario maschile Cherokee stabilito nel Territorio Indiano.
Secondo lo scrittore John Bartlett Meserve, il Bacone College ebbe le sue origini in una scuola della Missione Battista a Valley Town nella Carolina del Nord. Quella scuola divenne nota grazie al lavoro di Evan Jones, uno dei primi missionari per i Cherokee. Dopo che la maggior parte dei Cherokee furono trasferiti nel Territorio Indiano, la scuola di Valley Town si trasferì in un sito vicino a quella che si è sviluppata come l’attuale città di Westville. Nel 1867, il figlio di Evan Jones, John B. Jones, trasferì la scuola a Talequah. La scuola della missione si trasferì a Muskogee nel 1885 e cambiò il suo nome in Bacone.
Quando iniziò il Bacone College, il professor Bacone, unica facoltà, iscrisse tre studenti. Alla fine del primo semestre erano 12. Alla fine del primo anno, gli studenti erano 56 e i docenti erano tre.
Vedendo la necessità di espandersi, fece appello al Consiglio Tribale della Nazione Creek Muscogee per 160 acri (0,65 km2) di terra nella vicina Muskogee, conosciuta allora come la “capitale indiana del mondo”. Il terreno fu concesso, e nel 1885 l’Università Indiana fu trasferita nel suo sito attuale. Nel 1910, fu rinominata Bacone Indian University dal nome del suo fondatore e primo presidente. Il Board of Trustees in seguito cambiò il nome nell’attuale Bacone College, dato che enfatizza l’educazione universitaria.
Il campus contiene molti ricordi della storia, tradizione e obiettivi di Bacone. Uno di questi è un piccolo cimitero, dove i presidenti di Bacone Almon C. Bacone (1880-1896) e Benjamin D. Weeks (1918-1941) sono stati sepolti, così come altri associati alla scuola nel corso degli anni. Sul lato ovest del campus c’è un pulpito di pietra che segna il punto in cui Bacone, Joseph Samuel Murrow e Daniel Rogers, due missionari battisti che erano anche amministratori fiduciari dell’Università indiana, si inginocchiarono in preghiera per dedicare la terra ricevuta dai Creek all’educazione cristiana degli indiani d’America.
Nella primavera del 2018 il college ha sperimentato un grave stress finanziario, licenziando la maggior parte dei dipendenti dopo l’inizio e riferendo pubblicamente che il college aveva bisogno di 2 milioni di dollari per completare l’anno accademico 2018-2019 e aprire nell’autunno del 2019. Tuttavia, la scuola ha riaperto dopo aver tagliato i programmi, ridotto la facoltà e venduto la proprietà. Il college ha sviluppato un piano per formare un consorzio di tribù dell’Oklahoma per tornare alle sue radici come un college tribale, che darebbe ai governi tribali la proprietà dell’istruzione dei loro studenti e fornirebbe finanziamenti stabili dal governo federale in adempimento delle sue responsabilità fiduciarie per educare gli studenti indiani americani. La United Keetoowah Band of Cherokee Indians in Oklahoma ha approvato un accordo di noleggio nell’aprile 2019, e nel luglio 2019, la Nazione Osage ha annunciato che avrebbe noleggiato la scuola come un college tribale. La scuola ha ottenuto il suo terzo charter nell’agosto 2019 dalla Otoe-Missouria Tribe of Indians, il quarto nel settembre 2019 dalle tribù Cheyenne e Arapaho, e il quinto nel febbraio 2020 dalla Kiowa Tribe. (La Nazione Muscogee (Creek), che originariamente aveva fondato la scuola alla fine del 19° secolo, non l’ha fatto questa volta perché la tribù ha recentemente fondato un proprio college separato, il College of the Muscogee Nation.