L’eroe Kree Capitan Marvel, arrivato sulla Terra dopo un lungo soggiorno nella dimensione alternativa della Zona Negativa, viene catturato da alcuni membri della squadra di supereroi dei Vendicatori – Quicksilver, la Strega Scarlatta e l’eroe androide Visione – con l’aiuto del compagno di Mar-Vell (il vero nome Kree dell’eroe) Rick Jones, e dello stesso Mar-Vell. In seguito viene rivelato che ha concepito un figlio con la principessa Skrull Annelle durante questo periodo di tempo. Questo è necessario, poiché Mar-Vell ha inavvertitamente assorbito una quantità letale di radiazioni per aver trascorso settimane nella Zona Negativa, e si rivelerà fatale se non trattato. Con l’aiuto di uno scienziato, Visione drena le radiazioni in eccesso da Mar-Vell.
Una sequenza flashback spiega che i Vendicatori rilevano un allarme dal Baxter Building, il quartier generale dei Fantastici Quattro. I Vendicatori arrivano all’edificio e trovano Mar-Vell che usa il portale della Zona Negativa – creato da Reed Richards – per cercare di liberare Rick Jones dalla loro necessità di “condividere le molecole” (alternandosi nello stesso spazio, uno sulla Terra e uno intrappolato nella Zona Negativa fino allo scambio). Mar-Vell ha successo, anche se, mentre il portale della Zona è aperto, i Vendicatori sono costretti a respingere l’entità Annihilus, che tenta di fuggire dalla Zona. Mar-Vell approfitta della distrazione per rubare un quinjet dei Vendicatori, che viene rintracciato una volta che i Vendicatori si rendono conto che l’eroe Kree ha assorbito una quantità letale di radiazioni. Il flashback termina e il gruppo viene poi attaccato da un robot Sentry, che cattura Mar-Vell e fugge. I Vendicatori vengono interrogati dall’ex collega di Mar-Vell, Carol Danvers.
I Vendicatori rispondono a una chiamata del collega Goliath, che avverte che sta rispondendo a una chiamata di soccorso della Vendicatrice Janet Pym, conosciuta anche come Wasp. Con il marito e collega Henry Pym, la coppia era in viaggio via nave verso una base di ricerca nel Circolo Polare Artico, lì per studiare l’effetto dell’esplorazione del petrolio sull’ambiente. La coppia ha apparentemente trovato un’isola lussureggiante, e indaga come Wasp e Yellowjacket. Yellowjacket indovina la verità e spinge via Wasp prima di raggiungere l’isola. Quando lui scompare, la Wasp a sua volta evoca Goliath.
I Vendicatori arrivano e vengono attaccati ancora una volta dalla Sentinella, ora aiutata da un Goliath ipnotizzato. I Vendicatori sconfiggono Golia ma non possono fermare la Sentinella, che cattura tutti tranne Quicksilver. Il colpevole si rivela essere Ronan l’Accusatore, ora un fuorilegge Kree. Ronan inizia il “Piano Atavus”, con l’intenzione di far devolvere la Terra in un’epoca preistorica da usare come base nella guerra contro gli Skrull. Ronan mostra agli eroi come gli scienziati ricercatori della base e Henry Pym si siano devoluti in uomini delle caverne, che ora bramano Janet Pym. Quicksilver arriva e attacca, e Ronan termina la battaglia quando viene contattato e avvisato di un imminente attacco degli Skrull sul mondo natale Kree di Hala. Privo di scopo, la Sentinella si autodistrugge. I Vendicatori e Mar-Vell si riprendono e scoprono che Pym e gli altri scienziati, come l’ambiente, sono tornati alla normalità.
L’esistenza di Mar-Vell viene rivelata quando gli scienziati informano le autorità su ciò a cui hanno assistito, e viene formata la “Commissione per le attività aliene”, guidata dal senatore H. Warren Craddock. I Vendicatori accettano di partecipare a un’udienza, ma questa viene abbandonata quando i Vendicatori rifiutano di consegnare Mar-Vell. I Vendicatori incoraggiano Mar-Vell ad andare con Danvers in una fattoria privata, e sebbene inseguiti da Nick Fury dello S.H.I.E.L.D. fuggono. I Vendicatori hanno a che fare con membri frustrati del pubblico, che picchettano Avengers Mansion e poi forzano l’ingresso per vandalizzare l’edificio.
I Vendicatori Capitan America, Iron Man e Thor apparentemente tornano alla Mansion e annunciano che, a causa del comportamento della squadra, essa è ora sciolta per sempre. Quicksilver, la Strega Scarlatta e la Visione decidono di andarsene e controllare Mar-Vell, ma mentre sono lì vengono attaccati da quelle che all’inizio sembrano essere tre mucche. Le mucche sparano raggi di energia che paralizzano la Visione che, pur potendo diventare intangibile, non può muoversi. Quicksilver e Scarlet Witch vengono catturati quando le mucche si trasformano in tre membri dei Fantastici Quattro, e poi rivelano che sono in realtà Skrulls, gli antichi nemici dei Kree. Allo stesso tempo, Danvers ha condotto Mar-Vell a una nave Skrull che sostiene di aver trovato, e convince Mar-Vell a costruire un “Proiettore Omni-Wave”, un dispositivo di comunicazione che nelle mani di non-Kree è un’arma mortale. Mar-Vell, tuttavia, vede attraverso l’inganno (dato che nessun umano, solo gli Skrull, conoscono il suo vero nome) e distrugge il dispositivo, ma viene catturato da Danvers (che ora si rivela essere in realtà il Super-Skrull) e, insieme a Quicksilver e alla Strega Scarlatta, viene portato via dalla Terra.
Anche se ferito, Visione è in grado di tornare alla Avengers Mansion, dove i membri fondatori Captain America, Iron Man, Thor e Henry Pym (ora nella sua identità originale di Ant-Man) si sono riuniti. Ant-Man si riduce a dimensioni microscopiche ed entra nella Visione, ed è in grado di riparare l’androide. Ant-Man parte e interrogando la Visione che si sta riprendendo, i Vendicatori determinano che sono stati gli Skrull – precedentemente travestiti da mucche – a sciogliere la squadra. I quattro Vendicatori trovano e catturano gli Skrull per interrogarli, e determinano che gli alieni sono in realtà tre dei quattro membri del team di esplorazione originale che un tempo visitò la Terra e combatté contro i Fantastici Quattro. I Vendicatori vengono poi attaccati da una squadra di tre Mandroidi, inviati dal senatore Craddock per arrestare gli eroi per non aver collaborato. Iron Man (segretamente Tony Stark) progetta i Mandroidi e sovraccarica la loro armatura con una scarica elettrica.
Al tempo stesso arriva Tritone degli Inumani che, non riuscendo a localizzare i Fantastici Quattro, chiede aiuto ai Vendicatori per localizzare il loro sovrano Black Bolt, necessario perché suo fratello Maximus il Folle ha preso il potere nella loro patria Attilan. I Vendicatori aiutano Tritone e, dopo aver localizzato Black Bolt, accompagnano gli Inumani ad Attilan. Viene rivelato che Maximus ha stretto un’alleanza con i Kree, e in cambio del potere usa la tecnologia Kree per controllare la popolazione, con l’intenzione di usarli come soldati contro gli Skrull. I Vendicatori sconfiggono Maximus e i suoi scagnozzi, e dopo aver riportato Black Bolt al potere partono (con Goliath) per lo spazio Skrull, intenzionati a salvare i loro compagni.
Mar-Vell viene portato nel cuore dell’Impero Skrull e, dopo essere stato avvisato che i Vendicatori prigionieri saranno giustiziati, viene costretto a costruire un altro Proiettore di Onde Omni. I Vendicatori arrivano nello spazio Skrull e tengono a bada la flotta aliena mentre Mar-Vell è costretto a usare il Proiettore, che ricaccia un Rick Jones temporaneamente liberato nella Zona Negativa. Jones viene salvato dalla Zona dal sovrano Kree la Suprema Intelligenza, che sblocca i poteri mentali nascosti (la Forza del Destino) in Rick Jones stesso, Rick quindi invia un’ondata di eroi della Golden Age con i Vendicatori contro gli Skrull, ponendo fine alla guerra. La Destiny Force fa anche tornare il senatore Craddock sulla Terra alla sua vera forma Skrull, rivelando che era il quarto Skrull della spedizione terrestre, e viene successivamente ucciso da una folla inferocita. Gli eroi tornano sulla Terra per scoprire che il vero senatore Craddock è stato trovato, e la reputazione dei Vendicatori è stata ripristinata.
Il gruppo segreto di supereroi Illuminati viene infine rivelato di aver visitato entrambi gli imperi Kree e Skrull e consigliato gli alieni che coinvolgere la Terra nella loro guerra non sarebbe stato tollerato.