Il software permette agli utenti di importare modelli 3D in uno spazio virtuale che può essere spostato e animato di conseguenza. Il posizionamento delle figure 3D può essere facilmente alterato, le espressioni facciali possono essere modificate (a patto che il modello abbia dei morph da usare), e i dati di movimento possono essere applicati al modello per farlo muovere. Insieme a queste funzioni per i modelli, si possono aggiungere accessori, palcoscenici e sfondi per creare un ambiente, ed effetti come lens flares e AutoLuminous (un effetto che fa brillare e illuminare le cose) possono essere applicati purché il plugin MikuMikuEffect (MME) sia installato nell’interfaccia. Suono e musica possono anche essere aggiunti per creare video musicali, cortometraggi e storie create dai fan. I dati di movimento usati per animare i personaggi e i dati di posa usati principalmente per fare screenshot possono essere esportati come file .vmd (Vocaloid Motion Data) e .vpd (Vocaloid Pose Data), rispettivamente. I file esportati possono poi essere importati in altri progetti realizzati con software che possono utilizzare questi tipi di file. Questo permette agli utenti di condividere i dati con altri utenti. Il software utilizza anche il motore fisico Bullet. Gli utenti possono anche utilizzare Kinect della Microsoft per la cattura del movimento. Sono anche possibili l’ombreggiatura delle mappe, il rendering degli screenshot in diversi formati di file immagine e il rendering di filmati completi nel formato .avi.
Con l’eccezione di alcuni modelli, stadi, dati di movimento e accessori che vengono forniti con il software al momento del download, tutti i contenuti, compresi i modelli 3D, sono distribuiti dagli utenti, il che significa che tutte le regole e le restrizioni (o la loro mancanza) variano notevolmente da caso a caso. Le regole della maggior parte dei modelli possono essere trovate nel suo file Readme, che può essere un file .txt, pdf o una pagina web. Il creatore, HiguchiM, ha dichiarato che non può fare alcuna promessa riguardo a come i modelli dei fan di altri utenti possono o non possono essere utilizzati, ed è esente da ogni responsabilità relativa a questo argomento. I modelli creati da altri utenti sono spesso disponibili per il download pubblico. Poiché MikuMikuDance è esclusivamente un software di posa e animazione, i modellatori usano software di modellazione 3D, come Blender o Metasequoia, per creare il modello e la mappa UV, mentre la maggior parte della conversione alla piattaforma MMD (come morphs facciali, ossa e corpi fisici) è fatta con un programma fatto esclusivamente per la conversione dei modelli MMD, PMD Editor o il suo successore PMX editor.
Il software stesso viene fornito con un piccolo numero di modelli di noti Vocaloid e una griglia invisibile, a cui gli effetti particellari possono essere attaccati in MME, un palco, alcuni accessori, e due esempi di ciò che MMD può fare, sotto forma di file .pmm; il tipo di file con cui vengono salvati i progetti MMD. Il software è stato originariamente rilasciato solo in giapponese, ma in seguito è stata rilasciata una versione in inglese. I video che utilizzano il software sono regolarmente visti su siti come Nico Nico Douga e YouTube e sono popolari tra i fan di Vocaloid e gli utenti. A causa di questa popolarità è stata prodotta anche una rivista che distribuisce modelli esclusivi con ogni numero. Alcuni modelli per Vocaloid possono anche essere usati per la musica Vocaloid, andando ad essere usati dagli studi che lavorano con il software Vocaloid.
Molte persone comprano anche le riviste Windows 100% che danno modelli esclusivi al pubblico. Questi escono una volta al mese e, a causa della popolarità, i creatori di modelli danno modelli segreti, così come i modelli per cui la gente ha pagato. La maggior parte di questi tendono ad essere Vocaloid o modelli che non hanno un particolare detentore di copyright.
Il 26 maggio 2011, l’aggiornamento continuo del software è giunto al termine e l’ultima versione è stata rilasciata. In una dichiarazione di chiusura, il creatore ha lasciato il software nelle mani dei fan per continuare a costruirci sopra. Nonostante questo, il codice sorgente non è stato rilasciato, e lo sviluppatore non ha intenzione di farlo, rendendo impossibile per le persone continuare a costruire sul software originale. Tuttavia, ci sono programmi alternativi che forniscono funzionalità simili, come MikuMikuMoving (il “sostituto” di MMD che viene aggiornato frequentemente e ha molte delle caratteristiche di MMD, così come nuovi formati di file unici per il programma, supporto per l’head-mounted display Oculus Rift e una nuova UI, tra le altre caratteristiche), e il software gratuito Blender.
Tra allora e oggi, ci sono state diverse aggiunte alla versione 7.39 di MMD, principalmente l’aggiunta della versione x64, che gira meglio della versione normale ed è progettata per utilizzare la potenza dei computer a 64 bit che manca ai computer a 32 bit. Questo si traduce in prestazioni migliori, tempi di rendering più veloci e qualità superiore, per citarne alcuni.Tuttavia, il 1 ° giugno 2013, il creatore di MikuMikuDance ha iniziato a rilasciare aggiornamenti per il programma molto improvvisamente. Dopo che ha ricominciato a rilasciare aggiornamenti, ci sono state 20 nuove versioni e le versioni a 64 bit di esse. Prima del 1 giugno, l’ultima versione era la 7.39, che è stata rilasciata il 26 maggio 2011. MMD ver. 7.39 ha ricevuto diversi aggiornamenti del programma tra il suo rilascio iniziale e il momento del rilascio della ver. 7.39m. La maggior parte di questi aggiornamenti sono stati fatti solo per aumentare la compatibilità con modelli .pmx più recenti e avanzati. Non è noto il motivo per cui il creatore ha iniziato a modificare nuovamente il software. Il 10 dicembre 2019, è stata rilasciata la versione 9.32 che è la versione più attuale.
Nel dicembre 2014, Sekai Project ha annunciato di aver acquisito il permesso di rilasciare MikuMikuDance su Steam. Tuttavia, a partire da dicembre 2020, non è stato rilasciato.
La prima serie televisiva anime ad essere completamente prodotta con il software, Straight Title Robot Anime, ha debuttato il 5 febbraio 2013.