サンゴ礁の大部分は、7つの海洋保護区、450ケイ、および3つの環礁を含むベリーズバリアリーフの保護システム、によって保護されています。 それは含む、面積で960平方キロメートル（370平方マイル）の合計：
- グラバーズリーフ海洋保護区
- グレートブルーホール
- 南水車の海洋保護区
- Half Moon Caye Natural Monument
- Hol Chan海洋保護区
1996年、保護区システムは、その脆弱性と、生物多様性の原位置保存のための最も重要で重要な自然生息地を含むという事実により、世界遺産に指定されました（基準VII、IX、Xによる）。
ベリーズは2010年12月に世界で初めて底引き網を完全に禁止した国となりました。 2015年12月、ベリーズはバリアリーフから1km以内の海上石油掘削を禁止しました。
これらの保護措置にもかかわらず、サンゴ礁は海洋汚染だけでなく、無秩序な観光、船舶、漁業による脅威の下に残っています。
このような保護対策にもかかわらず、サンゴ礁は海洋汚染、無秩序な観光、船舶、漁業などの脅威にさらされています。その他の脅威としては、ハリケーン、地球温暖化とそれによる海水温の上昇、そしてサンゴの白化などがあります。 それは、ベリーズのサンゴ礁の40％以上が1998年から破損していることを科学者によって主張されている。
ベリーズバリアリーフは、大量出血のイベントの影響を受けている。 最初の大量漂白は、ベリーズの沿岸地帯管理研究所による報告書によると、サンゴのコロニーの10％の推定死亡率と、1995年に発生しました。 ハリケーンミッチが1998年に襲ったとき、第二の大量白化現象が発生した。 生物学者は、ベリーズのサンゴ礁システム全体で生きているサンゴのカバーの48％の減少を観察した。
通常、それはサンゴの白化の理由は、人間の活動や嵐や細菌の変動などの自然の理由であるかどうかを区別することは困難である。 しかし、ベリーズバリアリーフの場合には、区別を困難にする多くの要因が適用されません。 この地域の人間の人口は、他のサンゴ礁の近くに対応する領域よりもはるかにまばらですので、人間の活動と汚染は、他のサンゴ礁に比べてはるかに低く、ベリーズのリーフシステムは、はるかに囲まれた領域にある。
サンゴの白化が発生すると、サンゴの大部分は死ぬ、と生態系の残りの部分は、損傷を修復するプロセスを開始します。 しかし、白化したサンゴは病気にかかりやすくなるため、回復の可能性は低くなります。 病気は、白化現象そのものよりも多くのサンゴを死滅させることがあります。 白化現象が続くと、サンゴ礁が回復する可能性はほとんどないでしょう。