Velká část útesu je chráněna systémem rezervací Belizského bariérového útesu, který zahrnuje sedm mořských rezervací, 450 zátok a tři atoly. Jeho celková rozloha činí 960 km2 a zahrnuje:
- Mořskou rezervaci Glover’s Reef
- Great Blue Hole
- Mořskou rezervaci South Water Caye
- Přírodní památku Half Moon Caye
- Mořskou rezervaci Hol Chan
- Mezi zátoky patří např: Ambergris Caye, Caye Caulker, Caye Chapel, Carrie Bow Caye, Caye svatého Jiří, English Caye, Rendezvous Caye, Gladden Caye, Ranguana Caye, Long Caye, Moho Caye, Blackbird Caye, Three Corner Caye, Northern Caye, Tobacco Caye a Sandbore Caye.
V roce 1996 byla soustava rezervací prohlášena za světové dědictví díky své zranitelnosti a skutečnosti, že obsahuje nejdůležitější a nejvýznamnější přírodní stanoviště pro zachování biologické rozmanitosti in-situ (podle kritérií VII, IX a X).
Belize se v prosinci 2010 stala první zemí na světě, která zcela zakázala lov vlečnými sítěmi při dně. V prosinci 2015 Belize zakázalo těžbu ropy na moři ve vzdálenosti do 1 km od bariérového útesu.
I přes tato ochranná opatření je útes stále ohrožen znečištěním oceánu a také nekontrolovaným turismem, lodní dopravou a rybolovem. Mezi další hrozby patří hurikány spolu s globálním oteplováním a následným zvyšováním teploty oceánů, které způsobuje bělení korálů. Vědci tvrdí, že od roku 1998 bylo poškozeno více než 40 % korálového útesu v Belize.
Bariérový útes v Belize byl postižen masovým bělením. Podle zprávy Institutu pro správu pobřežních zón v Belize došlo k prvnímu masovému bělení v roce 1995, kdy se odhaduje úhyn 10 % korálových kolonií. K druhému masovému bělení došlo v roce 1998, kdy korály zasáhl hurikán Mitch. Biologové zaznamenali v celém systému útesů v Belize snížení živých korálů o 48 procent.
Obvykle je těžké rozlišit, zda je příčinou bělení korálů lidská činnost nebo přírodní důvody, jako jsou bouře nebo bakteriální výkyvy. V případě bariérového útesu Belize však mnoho faktorů, které toto rozlišování znesnadňují, neplatí. Lidská populace je v této oblasti mnohem řidší než v odpovídajících oblastech u jiných korálových útesů, takže lidská činnost a znečištění jsou ve srovnání s jinými korálovými útesy mnohem nižší a systém útesů Belize se nachází v mnohem uzavřenější oblasti.
Při bělení korálů velká část korálů odumře a zbývající část ekosystému zahájí proces nápravy škod. Šance na obnovu je však malá, protože vybělené korály jsou mnohem náchylnější k nemocem. Nemoci často zahubí více korálů než samotné bělení. Při neustálém bělení bude mít korálový útes jen malou nebo žádnou šanci na obnovu.